一、办公室

负责公文运转、档案、保密、信访、接待以及人大代表建议、政协委员提案办理和司内总结考核工作；负责司内新闻宣传、综合信息汇总、上报及电子政务建设；综合协调司内外行政办公事务，为司内日常运转提供条件保障。

二、社会科学规划处

负责拟定教育部哲学社会科学发展规划和年度计画，研究制定有关政策和科研基地、科研项目管理办法并组织实施；巨观指导高校文科科研机构和科研人才队伍建设及学风建设；发布和组织评审教育部哲学社会科学各类研究项目。

三、社会科学成果处

负责教育部各类哲学社会科学研究项目的鉴定验收和结项；组织实施教育部哲学社会科学成果评奖；负责成果宣传和推进高校研究成果转化；负责文科科研信息化建设和国际交流；管理项目经费。

四、思想政治理论课教学处

负责制定高校（包括本专科及研究生层次）思想政治理论课建设和发展的档案；巨观管理高校思想政治理论教育教学工作；统筹高校思想政治理论课课程设定；规範高校思想政治理论课教材建设；规划高校思想政治理论课教师队伍建设；指导高校思想政治理论课教学方法改革；协调高校思想政治理论课学科建设。

五、出版管理处

负责拟定高校出版单位的相关政策和管理办法；协调教育部直属出版单位、高校各类出版单位和社科类报刊的创办、变更和停办及其他相关事宜；负责直属高校和直属单位出版物的监督管理；联繫中国教育电视台，协调相关工作。