1、词意不同：

（1）莫衷一是，意思是不能断定哪种说法对哪种说法错，不能取得一致的意见。衷：折中，这里指做出适中的决断。是：正确，这里指正确的论断、肯定的结论。

（2）众说纷纭,纷纭：多而杂乱.指的是人多嘴杂,各有各的说法。

2、语法不同：

（1）莫衷一是,动宾式；作谓语、定语；用于书面语.

（2）众说纷纭,主谓式；作谓语；常与“莫衷一是”连用.