为最佳化学校教育环境，加快房山城市化进程，房山区人民政府与北京中医药大学本着“ 真诚合作、共同发展”的原则，经过协商，决定建设北京中医药大学新校区。校园内建设规模42万平方米，项目总投资约20亿元人民币。计画2011年9月15日前启动单体工程建设，并在3年内建成。2010年12月21日上午在区政府434会议室举行了房山区人民政府与北京中医药大学合作协定签字仪式。区领导刘伟、祁红、赵佳琛、卢国懿、吴会杰、高培军；北京中医药大学党委书记吴建伟、北京中医药大学校长高思华、北京中医药大学副校长王庆国、北京中医药大学党委副书记兼纪委书记常江等领导参加了签字仪式，区委常委、宣传部长赵佳琛主持签字仪式。

经中华人民共和国教育部批准，北京中医药大学已在北京市房山区良乡高教园区征地1433亩，校园内建设规模42万平方米，项目总投资约20亿元人民币，毗邻北京理工大学，中国社会科学院研究生院，北京工商大学，首都师範大学等高校。2011年10月30日，北京中医药大学良乡校区在房山良乡高教园区举行奠基仪式。2013年9月8日，北京中医药大学良乡校区东院学生宿舍、食堂、公共教学楼等首批建设项目相继开工建设，为实现2015年秋季学期首批学员入驻办学和2016年学校建校60周年之际办学主体搬迁的奋斗目标奠定坚实基础。

北京中医药大学党委书记吴建伟表示：中医药大学落户房山，解决了学校教学资源短缺的瓶颈问题，是中医药大学发展的一个重要里程碑，学校会按照协定的要求加快建设，为房山区的医药事业做贡献，为房山区的区域发展做出贡献。刘伟表示：北京中医药大学入驻园区，无疑是在园区已经拥有的人文、社科、理工等优势专业的基础上，增添医药这一重要元素，为园区发展的综合优势增加砝码，同时也为北京中医药大学的进一步发展创造了优势条件，衷心希望，房山区政府与北京中医药大学签署入驻协定的基础上，开展更加广泛的交流与合作，相互支持，相互促进，共谋发展，实现区域与高校的“双赢”。