本奖以奖励我国青年物理学工作者（35岁左右）所取得的实验物理的物理学研究成果为主，一般不授予我国学者在国外取得的物理学研究成果。凡是在发现新现象 、阐明物理规律、运用规律解决关键问题等方面，取得优秀实验物理研究成果的个人或集体，可以授奖每两年颁发一次。

各研究机构 高等院校 全国性学术团体或由副研究员（副教授）或想当于副研究员（副教授）以上水平的科技工作者五人联名，均可推荐申请项目。中国物理学会受亿利达工业发展集团有限公司的委託，设立“吴健雄物理学奖”评选委员会，负责初审后申请项目的评定工作，由中国物理学会授奖。