台州学院肿瘤研究所（原台州学院医学细胞生物学研究所）是医学院科学研究的主要场所，此外还承担着各专业的细胞分子生物学、分子生物学检验技术、医学遗传学实验等课程的实验教学任务。现任所长姚军博士。

研究所主要研究方向有5个：肿瘤与细胞信号转导、肿瘤的蛋白质组学、基因多态性与疾病的相关性、病毒基因疫苗、微生物耐药基因和机理等。

所长姚军博士为浙江省高校中青年学科带头人，台州市211人才（第二层次）。目前，对消化系统肿瘤的细胞信号转导及蛋白质组学研究水平处于国内领先水平。该所现有在编成员7人，其中教授1人，副教授4人，博士6人。肿瘤研究所是浙江省高校重点建设学科,近年来，该所先后承担各层次的科研项目三十余项，包括科技部重大传染病专项(子课题)、国家自然科学基金、浙江省自然科学基金等项目。研究所成员以第一作者或通讯作者共发表SCI收录的论文三十余篇。

台州学院肿瘤研究所将继续加强科研平台的软硬体建设；积极开展肿瘤学临床研究和基础研究，面向甲状腺、乳腺、消化道肿瘤开展学科协作研究，努力获得高水平的原创性学术成果；积极培养优秀的肿瘤学科研和临床医务人员；积极拓宽国内、国际合作平台和渠道开展国内外学术交流，为套用性创新人才培养提供更好的条件；努力建成省级重点实验室，达到建成肿瘤学专业硕士点的所有指标要求。