1997年，为克服分立实验室的种种弊端，学校对实验室体制进行了改革，将形态学科的生物、解剖、组胚、病理、法医、病原、微免等7个教学实验室整合为形态学综合实验室；将生理、药理、病生和生化等4个学科的教学实验室整合为机能学综合实验室。综合实验室不再隶属于教研室，而是直属基础医学院管理，实行主任负责制，人、财、物三独立。同年，机能学综合实验室自行开发成功D-95微机化实验教学系统，取代了传统的分立仪器，该系统获江苏省教学成果一等奖、教育部CAI课件评选三等奖、国家级教学成果二等奖。

1998年来自各教研室的实验技术人员以双向选择的方式重新聘任。同时，对教学用房和仪器设备实行进一步的调整和重新配置，实现了综合实验室的完全独立运转并初步体现了资源共享和规模效益。结合实验教学改革开设了机能学和形态学综合实验。

1999年接受江苏省教育厅组织的教学实验室评估，两个综合实验室均以“A级”高分通过省级教学实验室的评估，其改革成果被誉为“南医大模式”，向全省推广。

2000年实行实验教学体系改革，增加了“单科融合实验”和跨学科综合实验比重；同时，开设学生自设计实验和以器官或疾病为主线的整合课程，使综合性、设计性实验的比例逐年升高。 “机能实验学”和“形态实验学”逐渐发展成为独立课程，并先后建成为校级A类特色课程。

2001年联合全国10余所医药院校主编了《机能实验学》特色教材（科学出版社）。目前，该教材已被评为江苏省精品教材，併入选国家十一五规划教材进行修订。同年，形态实验学教学模式改革获省级优秀教学成果一等奖。

2002年，结合新校区建设，学校投入2000余万元，新建网路化多媒体机能实验室、形态实验室、虚拟实验室、数码互动实验室及设施先进的人体解剖学实验室。製作完成“机能学实验指导”多媒体光碟，建成机能实验学网站，建立了师生互动平台。机能实验学和形态实验学于2002年双双被评为省级一类优秀课程。

2003年，主编《形态实验学》创新教材，由人民卫生出版社出版发行，这是全国第一本以器官、系统、疾病为中心整合课程的形态实验学教材。

2004年5月，为进一步推进教育教学改革，最佳化实验教学资源配置，强化对实验教学改革和实验室建设与管理的统一领导，成立了基础医学实验教学中心。中心包括机能学实验室、形态学实验室及人体解剖学实验室三部分。中心实行校院两级管理，独立建制，独立人事编制，独立划拨经费，由基础医学院直接领导。中心实行主任负责制，设主任1人，副主任2人。中心的人、财、物实行统一管理，资源共享，减少了仪器设备的重複购置，节约了实验经费，方便了人员培训，提高了工作效率。实验中心现有实验室面积8684平方米，仪器设备1601台件，总资产2386万元，专职教师29人，实验技术人员27人。目前，承担基础医学的全部实验教学课程，教学任务涉及全校13个专业，达每年45万人学时。中心还为部分研究生的课题研究提供实验条件。中心大胆探索，?建立了以“四性” 即自主性、开放性、实践性和创新性、“五结合”即教学与科研、理论与实践、经典与现代、虚拟与实训、基础与临床相结合为指导的分层次、多模组、与理论课既相互衔接又相对独立的创新实验教学体系，建立了虚拟、人体机能和数码互动等特色实验室，较好地解决了医学院校实验室开放的难题。设立了学科之间交叉融合的综合实验和培养学生创新能力的设计性、探索性实验项目，并开设了如暑期科研实践及兴趣小组等科研训练项目，开创了基础医学实验教学的新模式。中心实行科学管理，坚持“管理机制——质量体系——评估制度”三维并举，保证实验室“以人为本、高效、节约”的运行原则。中心建立了一系列切实可行的管理制度、科学的管理模式和网路化、信息化管理平台。建立了理论教学、实验教学和科学研究互通、专兼职结合的实验教师队伍，以及业务熟练、素质较高、相对稳定的实验技术队伍。中心被评为首批“省级基础课实验教学示範中心”。2004年11月，我校本科和七年制教育教学工作接受教育部全面质量评估，我中心的机能与形态实验室作为特色亮点展示，给专家留下深刻印象，评估结果为“双优”。

2005年，机能实验学被评为“国家级精品课程”，形态实验学为“省级精品课程”。

2006年中国高教学会主办、我校协办的全国首届医学院校教育教学改革与实验室建设研讨会在南京召开，来自全国40余所医药院校的近100位专家参观了我基础医学实验教学中心，并给以很高评价。

经过近10年的努力，南京医科大学基础医学实验教学中心已初步建成教育理念先进、实验设施完善、实验装备精良、教学体系科学、实验教材系统、队伍结构合理、管理一流、特色鲜明的现代化开放式的基础课实验教学中心。