2009年至2013年，经吴晓轮批准，其弟吴军轮等人协助不符合条件的企业从中国农业发展银行湖南分行取得贷款和担保，从中牟取不正当利益。

2013年8月，审计署将此线索移送中央纪委组织查处。

2014年6月，中国农业发展银行党委给予吴晓轮撤销党内职务和行政职务的处分。调查中，吴军轮等人退还和上交了利用吴晓轮职务影响获利129.5万元。