总预算往来款项是指各级财政总预算之间、总预算与单位预算之间在预算执行中所发生的债权、债务关係的会计记录。前一种情况是指在本级预算执行过程中出现支大于收，动用预算周转金后仍不能保持收支平衡的条件下，可以向上级财政部门申请短期借款(不计利息)，年终前必须还清。其总预算会计帐务处理为： 借款时，下级财政记入“与上级往来”科目和“金库存款”科目的收方，上级财政记入“与下级往来”科目和“金库存款”科目的付方；还款时，作相反分录。
如果借款转作补助时，上级财政记入“与下级往来”科目的收方和“预算支出”科目的付方，下级财政记入“预算收入”科目的收方和“与上级往来”科目的付方。后一种情况，即各级财政总预算与单位预算之间发生的债权、债务往来款项，是指在预算执行过程中，总预算与单位预算之间因业务活动需要而发生的暂存、暂付款项。发生预算内暂存款项时，记入“预算暂存”科目和“金库存款”科目的收方；支付预算内暂存款时，作相反的分录。发生预算内暂付款项时，记入“预算暂付”科目和“金库存款”科目的付方；结转或沖销预算内暂付款时，记入“预算暂付”科目的收方和其他有关对应科目的付方或收方。