其中，“爱国者”-2型防空飞弹从1998年开始引进部署，目前有3套同型飞弹分别部署在万里、南岗和新店3个阵地，分别从北、中、南三面拱卫着台北市区。最北边的阵地在万里，十分接近海岸线。这一部署意图可能是后两个阵地有实施弹道飞弹拦截的意图，而靠近海岸线的万里主要对付飞机类目标。
虽然“爱国者”-2型飞弹确有较强防空能力，但台军“爱国者”-2型飞弹的发射阵地都是固定式的。军事专家普遍认为，固定式“爱国者”-2型飞弹发射阵地在战时的生存几率可能会非常低，因为大陆的陆基巡航飞弹和空射型对地飞弹在战时会首先攻击这些目标。
在自主研製飞弹方面，台湾部署了6套“天弓”1、2型作战系统，分为6个阵地，共有约500枚“天弓”1、2型飞弹。其中“天弓”2型的射程为200公里，“天弓”1型的射程为100公里。
除此之外，台军在大台北地区至少还部署了3个“霍克”式地对空飞弹阵地，都在靠近沿海的阵地部署。整个台湾一共拥有20个“霍克”式地对空飞弹系统。2000年以后，台湾获得了至少162枚改良型“霍克”式飞弹。“霍克”式飞弹与“天弓”2型的搜寻雷达是可以通用的，在一定程度上加强了它们的整合能力、联合作战能力与数据传输能力。
整体来看，目前台军的防空飞弹系统虽然火力密度较高、飞弹性能比较先进，但是各型飞弹间的技术差距比较大，高、中、低空火力配置不健全，难以应对大陆的多层次、高密度的打击。

由于战略纵深、地形上的限制，台湾空军的机场配置及使用不如大陆。台湾地下化的空军基地只有台东志航空军基地和花莲基地。

国际上的综合评估认为，在经过第一波战役战术飞弹、巡航飞弹对防空设施、雷达站、指挥中心、机场跑道和油库进行的攻击之后，大陆的战时第二波打击，只需要集中2个团的苏-30、2个团的歼轰-7和1个团的轰-6型轰炸机，使用远程空对地飞弹，在20～30分钟内就有可能完全摧毁台军部署于西线的7个主要机场的跑道和油库。
由于台军拥有一定的防空能力，因此类似于美军在伊拉克战争中对机场、机库实施的战斗机发射精确制导炸弹的攻击应该是在瘫痪了台军防空设施之后进行。
正因如此，台军已经在规划把主要战斗机联队向东部转移，集中于花莲基地。并于2007年起拨款10亿新台币实施空军东移计画。
但是国际上普遍认为这样的计画可能需要一定的时间，因为根据前苏联的裁军经验，大量的空军基地由东欧向远东地区的转移，对空军家属的定居、就业、子女教育提出了难题，进而影响到整个空军的士气。
花莲空军基地无疑是台军目前最好的基地。目前在花莲基地驻扎了台空军第401联队第5大队第17、26、27中队，各拥有20架作战飞机和第12侦察中队的10架RF-16侦察机。花莲基地今后在台海空防中将会具备决定性的作用。这一基地实际上是“双基”的建设方式，即两个基地以1个滑行跑道相连线。内侧基地直通“佳山计画”的洞库。

佳山基地的设计工程又称“建安三号”工程。它位于花莲县新城乡的佳树村、秀林乡的大山村。从1979年开始筹划，1984年正式开始动工，到1992年才完工。1996年后，又进行了后续工程的建设。全部工程耗资超过400亿元新台币。

佳山基地的主体构想是将台湾中央山脉的东部掏空，将台湾绝大部分的先进作战飞机藏于山洞，以躲避台湾所受到的第一轮攻击，保存作战实力。其设计方案为，由附近的花莲空军机场直接建造一条长约3000米的飞机跑道直通山洞机库，战时，飞机可以直接从洞中经跑道起飞。为了保护这个军事基地，台军还在花莲、寿丰及崇德一带建立飞弹基地。

佳山基地共有大小山洞几十个，且全部相通，可容纳各型战斗机250架，有完整的指挥管制系统和通信系统，还有弹药库、油料库、小型医院等。据台军事部门分析，佳山基地以中央山脉为屏障，可联络附近的中油公司油库、海军基地，在地形上极有战略价值，是理想的军事基地。它与金门、高屏两地的火力网形成“铁三角”，不仅使台湾本岛与外岛形成了三角保护网，而且还可以加强东部地区的防卫力量。

台“国防部”宣称，佳山基地是远东地区“最具规模”的地下空军基地，因而被台湾军事当局视为台“防卫体系”中具有战略预备力量的一环。

台“国防部”宣称，佳山基地是远东地区“最具规模”的地下空军基地，该基地系“固安作战计画”中，西部空军兵力的疏迁基地，为台军空防的最后一道防线。因而被台湾军事当局视为台“防卫体系”中具有战略预备力量的一环。由于特殊的地理位置，佳山空军基地具有极高的战略价值。多年来台湾的佳山基地对外界一直是个迷。由于它的重大战略价值，其细节多年来也一直是绝对保密的。

据台湾媒体报导，为在解放军对台第一击后能有效保存西部空军战力，台空军特别研拟一套“东迁”应变计画。目前西部的各空军联队、各型机种每三个月都要飞往花莲进行转场演练，除验证“独立作战队”编制装备，也让飞行员熟悉东部环境，在战时能迅速撤往东部保存战力。
同时，花莲的“佳山基地”除拥有保存空军战力功能，过去空军的“天网系统”也移至“佳山基地”内，万一北部的“强网系统”被解放军攻击瘫痪，台空军仍有备用的第二指管通情系统可进行战场管理。
据了解，为因应解放军对台第一击，台空军在战时将同时採取“战力发挥”和“战力保存”。 “战力发挥”即机场跑道未遭破坏前，部分战机就全数升空，以避免战机遭到飞弹、巡航飞弹攻击，随后再选择战备跑道等适当地点降落、补给。“战力保存”则是将战机迅速撤入花莲“佳山”和屏东“建安”基地。

5月17日，台军“汉光23号”演习演练佳山基地整体防卫科目时，罕见的邀访花莲地方仕绅、民众与媒体记者到场参观，还打着“建立青年学生正确国防观念、宣导全民国防共识”的幌子特别邀请花莲地区的青年学生及教官前往。

活动期间，甚至史无前例的让民众直接进入佳山基地内部，参观机场跑滑道四周反空降叉、鸡爪钉及钉排等阻绝设施。台军方明知佳山基地在台军防卫作战中，对确保空军有生战力的极端重要性，本该严防死守，确保万无一失，但军演为了顺从陈水扁执政当局的现实政治需要，为执政者拉票，竟然将核心机密的空军基地全盘公开，正如台军的一些老将慨叹的那样：台军已到了无密可保的地步。从另一个方面也反映了台湾当局在实在想不出更好的办法解决一系列经济社会问题，也只有孤注一掷“投民所好”，做最后挣扎的努力。
由于台湾空军在这次演习中作秀不断、乌龙事件不断，参演的官兵也坦言“压力很大”。于是在也趁天下雨取消包括战机、攻击直升机等飞弹射击等多项军演科目。这因为是出事太多，怕秀过了头。曾任台军中将的国民党民意代表帅化民的说法最具有概括性，他指出，军队的价值观应体现在作战训练上，他也坦言，台湾军队过去的演习作秀现象也是有的，比如在弹着点位置放镁粉，火药以产生强大的光电效果等。但当前台军这种汉光演训方式十分离谱。因为台湾民众如今在“汉光演习”期间所看到的所有演训科目，未来都不可能会发生，演习的目的就是作秀。既然是作秀，就要把效果作好，而台湾空军在这次演习中却是摔战机、飞弹脱靶、飞弹偏离、装备维护不力、现场混乱、民众头戴钢盔如同看戏……这样的军事演习是：真的真不行、假的假得离谱，这样的作秀游戏还是该早点收场罢了。