1999年日本职业足球联赛,是J联赛历史上首次出现两级别赛事的赛季。 当年度的J1联赛在3月6日开幕,11月27日结束常规赛,12月4日和12月11日举行两回合的总决赛。而J2联赛于3月14日开幕,11月21日闭幕。J1第一阶段冠军为磐田喜悦,第二阶段冠军为清水心跳,年度总冠军为磐田喜悦。J2的冠军球队为川崎前锋。