土地承包经营权作价出资农民专业合作社的土地承包经营权入股，是指在不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途的前提下，土地承包经营权人(主要是家庭承包的承包方，即农户)以设立的土地承包经营权或通过家庭承包方式通过其他方式承包(招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地)并经依法登记取得土地承包经营权证或者林权证等证书设立的土地承包经营权出资，以股份(由农民专业合作社全体成员评估作价)方式投入到农民专业合作社的行为。

土地承包经营权入股型农民专业合作社，是指在农村土地承包基础上，在不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途的前提下，土地承包经营权人自愿联合併依法以物权性质的土地承包经营权为主出资。依法设立的、民主管理的互助性经济组织

依据现行土地承包经营权流转法律制度，结合《农民专业合作社法》、《农民专业合作社登记管理条例》和《浙江省农村土地承包经营权作价出资农民专业合作社登记办法》的规定分析，土地承包经营权入股型农民专业合作社设立与运行的法律障碍，主要表现在：

(1)家庭承包的土地承包经营权出资入股农民专业合作社与《农村土地承包法》的法律规範实质内容相冲突。根据《农村土地承包法》第二章“家庭承包”第五节“土地承包经营权的流转”第42条“承包方之间为发展农业经济，可以自愿联合将土地承包经营权入股，从事农业合作生产”规定，对土地承包经营权入股做了界定：入股是“将土地承包经营权作为股权”(不发生物权性质的土地承包经营权移转)，“不包括将土地承包经营权量化为股份，投入到从事农业生产的工商企业或者公司，也不包括将土地承包经营权作为投资成立农业经营公司”。《农村土地承包经营权流转管理办法》第16条规定：家庭承包的“承包方依法採取转包、出租、入股方式将农村土地承包经营权部分或者全部流转的，承包方与发包方的承包关係不变，双方享有的权利和承担的义务不变。”该法第19条规定：“承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，但股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户。”可见，家庭承包的土地承包经营权入股，其“承包方与发包方的承包关係不变”和“股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户”，显然，入股方仍然保留物权性质的土地承包经营权，不发生物权性质的土地承包经营权移转(即不发生财产权转移)，不属“物权性的土地承包经营权流转”，否则，若属“物权性的土地承包经营权流转”，入股后土地无法退回原承包农户。《农民专业合作社登记管理条例》第8条规定：“农民专业合作社成员可以用货币出资，也可以用实物、智慧财产权等能够用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。”可见，家庭承包的土地承包经营权出资入股农民专业合作社发生物权性质的土地承包经营权移转，则土地承包经营权入股型农民专业合作社依法成立时取得物权性质的土地承包经营权；否则，不发生物权性质的土地承包经营权移转就是“出资”不到位或不称出资。

(2)农民专业合作社转让家庭承包的土地承包经营权存在的法律问题。

①农民专业合作社自由转让家庭承包的土地承包经营权与《农村土地承包法》第37条规定“採取转让方式流转的，应当经发包方同意”不吻合。《农民专业合作社登记管理条例》规定，农民专业合作社成员除货币出资外可以依法用可“转让的非货币财产”作价出资，作价出资的财产具有可转让；农民专业合作社具有法人资格，法人可以依法自由转让其财产，包括自由转让家庭承包的土地承包经营权。而《农村土地承包法》第37条规定，家庭承包的土地承包经营权“採取转让方式流转的，应当经发包方同意”。

②农民专业合作社取得的土地承包经营权可在不同的法律主体之间自由转让与《农村土地承包法》第41条规定家庭承包的“土地承包经营权转让给其他从事农业生产经营的农户“也不一致。农民专业合作社自由转让土地承包经营权，对受让方没有条件的限制。而《农村土地承包法》第41条规定：可将部分或者全部承包地上的家庭承包的“土地承包经营权转让给其他从事农业生产经营的农户”。该条对受让方有两方面的要求：其一，受让方原来必须从事农业生产经营：其二，受让方是农户，即农户是受让土地承包经营权的流进方。

③农民专业合作社自由转让家庭承包的土地承包经营权与《农村土地承包法》规定“本集体经济组织成员享有优先权”不吻合。《农民专业合作社登记管理条例》规定，农民专业合作社可以依法自由转让其财产。而《农村土地承包法》第33条规定：“土地承包经营权流转应当遵循以下原则：……(五)在同等条件下，本集体经济组织成员享有优先权。”

(3)农民专业合作社转让土地承包经营权与退社的成员是否能退回承包地和土地承包经营权相冲突问题。农民专业合作社成员可依《农民专业合作社法》(第12、19、20、21条)规定退社。农民专业合作社依法自由转让土地承包经营权，其结果致使退社成员可能无法再退回承包地和无法再享有物权性质的土地承包经营权。

(4)农民专业合作社抵押土地承包经营权与《农村土地承包法》以家庭承包设立的耕地承包经营权和草地承包经营权不得抵押相冲突问题。《农民专业合作社法》第22条规定：“农民专业合作社成员大会由全体成员组成，是本社的权力机构，行使下列职权：……(三)决定重大财产处置、对外投资、对外担保和生产经营活动中的其他重大事项；……”可见，农民专业合作社可以依法用农民专业合作社的财产对外担保。包括家庭承包的土地承包经营权抵押。而《农村土地承包法》第二章“家庭承包”第五节“土地承包经营权的流转”12个条款中没有提到抵押这种流转方式。《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》“二、家庭承包纠纷案件的处理”第15条规定：“承包方以其土地承包经营权进行抵押或者抵偿债务的，应当认定无效。”《物权法》第四编“担保物权”第十六章“抵押权”第184条规定：“下列财产不得抵押：……(二)耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权，但法律规定可以抵押的除外；……”可见，现行法律规定家庭承包的土地(耕地和草地等)承包经营权不得抵押。

(5)农民专业合作社解散、破产时以家庭承包的土地承包经营权对债务承担责任与“解散时入股土地应当退回原承包农户”存在的法律冲突问题。《农民专业合作社法》第4条规定：“农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。”第5条规定：“农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任。”可见，出资的家庭承包的土地承包经营权可用于对农民专业合作社债务承担责任。而《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》“二、家庭承包纠纷案件的处理”第15条规定：“承包方以其土地承包经营权进行抵押或者抵偿债务的。应当认定无效。”《农村土地承包经营权流转管理办法》第19条规定：“承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，但股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户。”

(6)承包地依法调整与土地承包经营权入股型农民专业合作社享有土地承包经营权相冲突。①被调整到承包地的农户(即农民专业合作社成员)不退社，应调整到承包地的农户无法得到承包地和无法取得土地承包经营权，会使发包方依法调整承包地落空。②被调整到承包地的农户(即农民专业合作社成员)退社，土地承包经营权入股型农民专业合作社无法退回发包方的承包地(该承包地上的土地承包经营权已转让或其他方式流转已移转土地承包经营权给其他人)。会使应调整到承包地的农户无法得到承包地和无法取得土地承包经营权，也会使发包方依法调整承包地落空。③被调整到承包地的农户(即农民专业合作社成员)只同意出资额转移，被调整到承包地的农户不愿入股该土地承包经营权入股型农民专业合作社，也造成被调整到承包地的农户无法得到承包地和无法取得土地承包经营权，会使发包方依法调整承包地落空。

(7)承包地依法收回与土地承包经营权入股型农民专业合作社享有土地承包经营权相冲突。

①被依法收回承包地的农户(即农民专业合作社成员)不退社，会使发包方依法收回承包地落空。

②被依法收回承包地的农户(即农民专业合作社成员)的承包地，土地承包经营权入股型农民专业合作社无法退回发包方的承包地(该承包地上的土地承包经营权已转让或其他方式流转已移转土地承包经营权给其他人)，也会使发包方依法收回承包地落空。

另外，土地承包经营权入股型农民专业合作社的股权(出资额)继承与耕地或草地承包经营权不允许继承发生冲突等。