孝宗是励精图治的贤君。他即位后，首先裁抑宦官及佞幸之臣，太监梁芳、外戚万喜及其党羽均被治罪。又淘汰传奉官2000余人；罢遣禅师、真人等240余人；佛子、国师等780人，被追回诰敕印仗，遣归本土。并调整内阁班底，罢免了不学无术、依附权要的阁臣万安、尹直等人。

孝宗在位期间,勤于理政，选用贤臣，当时被任用的徐漙、刘健、李东阳、谢迁、王恕、马文升等人，都是正直忠诚的大臣，在弘治一朝发挥了较大作用。孝宗常召阁臣至文华殿，让大家共议大臣的章奏，写出批词后，自己再批改颁发。所以，阁臣李东阳高兴地说：“天顺以来，30余年间，皇帝召见大臣，都只问上一二句话，而现在却是反覆询问，讨论详明，真是前所未有啊!”弘治十三年(1500年)，大学士刘健上奏说，晚朝散归后，天色已黑，各处送来的档案往往积压内阁，来不及处理，如有四方灾情，各边报警等事务，就有耽搁的可能。于是，孝宗特定除早、晚朝外，每日两次在平台召见有关大臣议事。从此出现了“平台召见”这一新的朝参方式。

孝宗对臣下宽厚平和。早朝的时候，孝宗亲御奉天门，大臣们言事，要从左右廊庑入门内面君而奏。有的大臣因地滑，行走失仪，孝宗从不问罪，奏本中有错字也不纠问，经筵讲官失仪，他还宽慰数词，不使其慌恐。有一年冬天，孝宗夜晚坐在宫内，觉得天气寒冷，就问左右内臣：“现在官员有在外办事回家在路途的吗?”左右回答说：“有。”他又说：“如此凛冽且昏黑，倘廉贫之吏，归途无灯火为导，奈何?”遂传下圣旨，命今后遇在京官员夜还，不论职位高低，一律令铺军执灯传送。这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能如此曲体臣下，也确属不易了。

孝宗在生活上也能注意节俭，不近声色。孝宗一生只有张皇后一位妻子，不曾有其他妃嫔。弘治元年(1488年)，出使明朝的朝鲜使臣卢思慎，曾对朝鲜的国王说：“先皇帝(宪宗)或于用人，间以私意，今皇帝(孝宗)则铨注登庸一出于正。又性不喜宝玩之物，虽风雪不废朝会，临群臣皆以丧服(居丧期间)，惟祀天祭用黄袍，臣等慰宴时不奏乐，不设杂戏，劝花置于床上而不簪。大抵先皇帝弊政一切更张矣。”宪宗生前爱穿用松江府所造大红细布裁製的衣，每年要向那里加派上千匹。而这种织品用工繁浩，名虽为布，实际却用细绒织成。孝宗当时还是太子，内侍给他送来新裁製的衣服。他说：“用这种布缝製的衣服，抵得上几件锦锻衣服。穿它太浪费了。”遂谢而不用。他当了皇帝后，下令停止为皇宫织造此布。