新疆生产建设兵团第五师医院于1945年10月创建于革命圣地延安，其前身是“白求恩国际和平医院第九分院”。1950年，随中国人民解放军六军十六师进驻新疆哈密，60年代初，随农五师西迁博尔塔拉。

医院下设临床科15个，其中重点科室4个。