生物信息学分析平台是将各种生物信息学分析软体集成起来，通过网页或者命令行的方式进行核酸和蛋白序列分析的平台。

Galaxy是一个开放的基于网页的生物信息分析平台，目前已经部署投入使用的公共Galaxy分析平台约有30个。通过该平台，能够在不下载和安装任何软体和工具的前提下做各种生物信息学分析，并能够记录每一步分析过程，同时可以与其他科研人员分享分析的历史记录和构建的工作流。比如，由国家基因库搭建、配置和维护的公共开放的Galaxy平台，可以为国内外用户提供运算存储资源和流程化分析服务，它整合了各种生物信息学分析工具，可以友好方便的构建生物数据分析工作流，是集数据上传检索及处理、序列比对组装、序列分析、SNP/WGA分析、数据可视化等众多生物信息分析功能于一体的公共开放性平台。

GenePattern生物分析平台提供了用于基因组，RNA-SEQ，蛋白质组，SNP分析，与及常见数据处理分析的150多个分析工具，并且该平台具有word外挂程式，可以将分析流程添加到doc文档中。

DNAnexus生物分析平台主要侧重下一代测序技术的信息分析，部分功能可免费使用。DNAnexus生物分析平台是致力于打造云端数据分析平台，2011年获GoogleVentures和TPGBiotech投资，DNAnexus将和Google一起建一个开放式DNA资料库，而取代美国政府的国家生物技术信息中心（NCBI），该平台最大的特点是使用google的云服务，将数据存在云端，科研人员可通过软体即服务访问这些数据。