事业收入审计一般可以分别不同项目进行。也可以按收入的变化情况分固定收入与临时收入审计。固定收入审计是对已列入单位预算的比较稳定的收入，结合计画的执行情况进行的审查，如规费收入审计等。临时收入审计则是对临时发生，没有列入单位预算的收入进行的审查。其重点应查明收入的性质，上缴的数额和时间等。另外，在事业收入审计中还应区别全额预算和差额预算两类不同管理方法的单位。对全额预算事业单位缴纳的事业收入审计，可将重点放在审查其收入内容上；对差额预算事业单位缴纳的事业收入审计，不仅审查其收入内容，还应将其收入与支出结合起来，审查其收入与支出两方面及其相抵情况。揭露不报或少报收入的错误行为。

其审计的重点内容是：

(1)审查中央和地方各部门所属事业单位应上缴的事业收入是否全额上交，有无截留、坐支的现象。

(2)审查上缴国家预算的事业收入是否及时、足额地缴入国库，纳入预算管理，有无将事业收入转预算外或挂预算往来帐等截留、转移，隐瞒收入的现象。

事业收入审计的主要方式是：审阅财政机关的有关帐簿、凭证记录，抽查收入缴款凭证和事业单位的有关帐、表、凭证。事业收入审计的主要方式是：审阅财政机关的有关帐簿、凭证记录，抽查收入缴款凭证和事业单位的有关帐、表、凭证。