第五舰队与海军中央司令部都隶属于美国中央司令部。

美国第五舰队(United States Fifth Fleet)，是美国海军六大舰队之一。是美国驻中东最强大的海上力量，辖区範围从波斯湾、红海、阿拉伯海，到东非肯亚的印度洋海域一带，司令部设定在巴林。人员、机械材料由太平洋舰队及大西洋舰队提供，负责中东地区船只的安全。

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第五舰队于1944年4月26日建立，根据海军上将雷蒙德.斯普鲁恩斯的命令，从中太平洋部队中分离出来而形成的对立部队。第五舰队的船只同时也形成了第三舰队的基础。在海军司令威廉.F.哈尔斯领导时，曾称第三舰队为“蓝色大舰队”（Big Blue Fleet）。斯普鲁恩斯和哈尔斯经常交替管理舰队的主要工作，并给予对方及其工作人员时间去準备后续工作。有一个好处就是可以迷惑日本人，因为舰队称呼不停的更替让其以为实际上有两个舰队存在。二战结束之后，第五舰队随之解散，作为美国海军的常规作战梯队。

在第一次海湾战争前，在波斯湾区域的美国海军受命于中东部队司令部。考虑到当时的部队装备不够充足，不足以应对在海湾战争中的大规模军事打击行动，第七舰队——以日本为基地，主要负责西太平洋及印度洋区域—— 受命临时负责战争期间的军事行动。然而，在美军中央司令部看来，没有一个舰队的编号是永久的。至1995年7月，新的编号舰队已视为必然。在长达48年的间隔之后，美国海军第五舰队重新成立，取代了中东司令部，直接行动与波斯湾、红海、阿拉伯海区域。其总部设在巴林首都麦纳麦。

美国海军区域分布图

在其成立的早期时间，它的主要作战部队是航空母舰群，两栖作战群、地面部队、潜艇、海事巡逻部队、勘察机、以及后勤船队。然而随着反恐战争的打响，美国海军的作战策略也随之改变。冷战时期的常规部署已经成为历史，因此，随时在世界上的各大区域保持一定数量舰队的策略也就结束了。如今的常规配置包括航母作战群，两栖作战群或者远征作战群，以及一些其他的舰船和航空器。大约有15000人在海上备战，以及1000人在陆地支援。

第五舰队军事力量的巅峰时期是在2003年。有五艘美国海军航空母舰，六艘海军两栖攻击舰以及其装备的空对地作战单位，还有护航和供给船，以及超过30艘皇家海军舰船受其指挥。2003年4月，由于巴格达已被攻陷，庞大的作战部队也迅速的消减先来。除非未来在该海域紧张局势再次发生，第五舰队仍将保持近些年来较低水平的装备力量。

在2011年巴林发生的暴动期间，第五舰队的存在成为公众对美国批评的源头， 因为它即作为该地区的人权捍卫者，同时也是独裁的巴林政府的同盟者。截止于2011年7月下旬，据说美国政府打算关闭在巴林首都的海军总部，将起迁往其他波斯湾国家，可能是卡达或者阿拉伯联合酋长国。