单位及个人的缴存比例可在5%~12%自行选择，个人缴存比例应等于或高于单位缴存比例。

2010年1月1日后新参加工作的职工，从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，以其参加工作的第二个月工资总额作为缴存基数。2010年1月1日后新调入的职工，从调入当月开始缴存住房公积金，以其调入当月工资总额作为缴存基数。

从2016年5月1日起，国务院决定阶段性降低住房公积金缴存比例，凡是住房公积金缴存比例高于12%的，一律进行调整，公积金缴存比例不得超12%，暂按两年执行。

2018年5月，为降低实体经济成本、减轻企业非税负担，住建部、财政部、人民银行等部门发布了《关于改进住房公积金缴存机制进一步降低企业成本的通知》。通知提出，各地区2016年出台的阶段性适当降低企业住房公积金缴存比例政策到期后，继续延长执行至2020年4月30日。各地区要对政策实施效果进行评估，并可结合当地实际进一步降低企业住房公积金缴存比例。

广州住房公积金管理中心相关负责人表示，根据规定，单位及个人的住房公积金缴存比例各为5%~20%，具体缴存比例由单位和个人根据实际情况自行选择。每个单位只能选定一个缴存比例，个人缴存比例应当等于或高于单位缴存比例。缴存比例取1%的整数倍。所以有市民反映单位缴存比例低于个人缴存比例的情况，不属于违规行为。

2016年4月15日，住建部表示与发改委、财政部、人民银行一道，正在制定《关于规範和阶段性适当降低住房公积金缴存比例的通知》：一是，各地区应当严格执行相关规定，凡住房公积金缴存比例高于12%的，一律予以规範调整，不得超过12%；二是，各省、自治区、直辖市人民政府应当结合本地区实际情况，提出阶段性适当降低住房公积金缴存比例的具体办法，阶段性适当降低住房公积金缴存比例政策，从2016年5月1日起实施，暂按两年执行；三是，生产经营困难企业除可以降低缴存比例外，还可以申请暂缓缴存住房公积金。