主引导扇区位于整个硬碟的0磁头0柱面1扇区，包括硬碟主引导记录MBR（Master Boot Record）和分区表DPT（Disk Partition Table）。其中主引导记录的作用就是检查分区表是否正确以及确定哪个分区为引导分区，并在程式结束时把该分区的启动程式，也就是作业系统引导扇区调入记忆体加以执行。

在总共512位元组的MBR扇区中，由四部分组成：

引导程式在0号扇区的开始位置，共占用440位元组。

Windows磁碟签名占用引导程式后的4个位元组，是windows系统对硬碟初始化时写入的一个硬碟标籤。

分区表占用64位元组，是MBR中非常重要的一个结构。

扇区最后两个位元组“55AA”是MBR的结束标誌。

MBR扇区在计算机引导过程中起着非常重要的作用，计算机在按下电源后，开始执行主机板的BIOS程式，进行完一系列的检测和配置以后，开始按CMOS中设定的系统引导顺序进行引导。

计算机主机板的BIOS程式在自检通过后，会将MBR扇区整个读取到记忆体中，然后将执行权交给记忆体中MBR扇区的引导程式。引导程式首先会将自己整个搬到一个较为安全的地址中，目的是防止自己被随后读入的其它程式覆盖，因为引导程式一旦被破坏，就会引起计算机当机，从而无法正常引导系统。

系统下一步就会判断读入记忆体的MBR扇区的最后两个位元组是否为“55AA”，如果不是则报错，在萤幕上会列出错误信息。如果是“55AA”,接下来引导程式会到分区表中查找是否有活动分区，如果有则判断活动分区的引导扇区在磁碟中的地址，并将该引导扇区读入记忆体及判断其合法性，如果是一个合法的引导扇区，随后的引导权就交给这个引导扇区去引导系统了，MRB引导程式的使命也就完成的。

Windows磁碟签名是windows系统在对硬碟做初始化时写入的一个标籤，它是MBR扇区不可或缺的一个部分，windows系统依靠这个签名来识别硬碟，如果硬碟的签名丢失，windows系统就会认为该硬碟没有初始化。

分区表是用来管理硬碟的分区的，如果分区表被清楚或者破坏，则硬碟的分区就会丢失。

在执行MBR的引导程式时，会验证MBR扇区最后两个位元组是否为“55AA”，如果是“55AA”，那幺系统才会继续执行下面的程式；如果不是“55AA”，则程式认为这是一个非法的MBR，那幺程式将停止执行，同时会在萤幕上列出错误信息。