1949年，中华人民共和国成立，广大内科工作者和全国人民一样怀着政治热情想改变中国的落后面貌，因此渴望获得新知识，不断提高医疗水平，把各自负担的防病治病任务做好，保障人民的健康。为适应这一形势的需要，当时南京中央医院（今南京军区南京总医院）内科的专家们组织了内科研究会，开展学术活动，随后在第二野战军医科大学教育处的鼓励和支持下，组成内科学报编辑部，于1949年10月创办了中国第一本内科学专科杂誌——《内科学报》（月刊）。

1950年4月，第二野战军医科大学内迁重庆，《内科学报》改由华东军区后勤卫生部教育处领导和出版发行。

1951年1月，《内科学报》起改由邮局发行。

1952年8月起，根据中央卫生部及出版总署公布的“关于调整全国医药卫生出版期刊的决定”精神，《内科学报》改由中华医学会内科学会出版。

1953年1月，《内科学报》改为《中华内科杂誌》，双月刊，每期80面，由人民卫生出版社出版。

1958年起，增加篇幅，每期96面，增加论着性文稿的英文摘要；开始每期组写一篇指导性文稿作为“编者的话”。在当时“左”倾思潮的影响下，杂誌转载了全国寄生虫病学术会议提出的“明年基本消灭血吸虫病”，还刊出了编者的话，号召在一年内控制高血压，这些都损害了《中华内科杂誌》的科学性。

1960年起，全国进入困难时期，各种物资紧缺。6月，根据上极通知，《中华内科杂誌》与所有期刊一起停刊半年，重点检查“泄密、浮夸、修正主义”问题；也有物资和纸张短缺等因素。

1961年1月，复刊。1963年起，每期改为80页。

1964年起，改由中华医学会出版。

1966年第6期起，开始转载解放军报社论、姚文元文章，第7期转载“两报一刊”的社论和按语12篇，完全改变了刊物的本来面目，成了名副其实的大杂烩。同年8月本刊与绝大多数期刊一样又奉命停刊，编辑室和编辑部均被砸烂，人员下放到江西省永修县农村的“卫生部五七干校”。

1976年1月，以“新一卷”面目（双月刊，64页）复刊。1981年起，由双月刊再次改为月刊。

1982年起，按国家有关标準增加论着文章的文前中文摘要和英文摘要。1986年起，推行法定计量单位。

1988年1期起，由原每期64面增为每期72面。

1980年起，因经济困难，利用封三、封四刊出少量广告。

1998年，杂誌从编排格式到版本等各方面都发生了很大变化；同年，首次编辑出版了英文版增刊。

1998年、1999年，连续两年获得了中国科协择优支持基础性和高科技学术期刊专项资助经费。

2001年，获得中国科协择优支持基础性和高科技学术期刊专项经费资助。

2004年，每期改为80面；2005—2011年；改为88面；2012年，改为80面。

2007—2008年、2011—2012年，获得国家自然科学基金重点学术期刊专项基金资助。

2008—2011年度，入选中国科协精品科技期刊示範项目（C类）。

2008年2月，中华医学会与万方数据股份有限公司签署独家期刊资料库合作协定，《中华内科杂誌》数位化出版由万方数据股份有限公司独家代理。

2009年，《中华内科杂誌》对稿件处理启用中华医学会信息管理平台上的远程稿件管理系统；11月起停止接收通过电子邮件投稿和邮寄纸质稿件。

2011年7月，《中华内科杂誌》网站改版开通。

2012—2014年度，入选中国科协精品科技期刊工程项目期刊出版质量提升项目。

2014年12月，正式成为国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《中华内科杂誌》以广大内科医师为主要读者对象，重点报导内科领域领先的科研成果和诊疗经验，以及对内科临床有指导作用，且与内科临床密切结合的基础理论研究。辟有专论、内科论坛、论着、短篇论着、病例报告、讲座、综述、会议纪要、继续教育园地、标準与讨论、临床病理（例）讨论等栏目。

截至2015年4月，《中华内科杂誌》第十届编辑委员会有顾问7人、编辑委员147人、特约编委3人。

1982年，《中华内科杂誌》首次在大连举办了肝炎专题座谈会。1984年12月，中华医学会传染病与寄生虫病学会和卫生部科委病毒性肝炎专题委员会联合召开了第三届全国病毒性肝炎学术会议。1979年至2002年，杂誌共举办专题研讨会数十次。

2008、2009年，杂誌先后举办过全国内分泌代谢疾病研究进展学习班、全国消化疾病诊治进展学习班及内科临床新进展高级研讨班，授课教师均为各领域的知名专家。

2009年9月，杂誌组织北京地区两个学科的部分专家，就有关自身免疫性肝炎和原发性胆汁性肝硬化的诊断和治疗问题进行座谈。2012年10月又组织了炎症性肠病消化科及风湿免疫科专家学术交流会，与会专家就炎症性肠病的临床问题进行了交流。

从1949年10月到1952年12月，《内科学报》出版了4卷共39期，每期80面左右。1953年1月至1960年6月，《中华内科杂誌》共出版6卷80期，连同此前《内科学报》出版的4卷39期，合计共刊出文稿3642篇。1961至1978年，杂誌共出版80期，共刊出论文3104篇。

截至2015年4月，2003年以来，《中华内科杂誌》每年的刊出率维持在21.4%~28.3%；2003—2009年年来稿量1758~1921篇，2010年1464篇，2011年1575篇，2012年1601篇。

据2018年11月2日中国知网显示，《中华内科杂誌》共出版文献6250篇；知网收录了杂誌1994—2007年发行的168期。

据2018年11月2日万方数据知识服务平台显示，《中华内科杂誌》共载文7961篇。

截至2015年4月，近10年杂誌每年组织的重点号均不低于10期，重点号往往是抓住当时本学科的热点进行学术导向；在一些非常情况下，并进行及时调整，比如，针对2003年初全国多个省市突如其来的“SARS”，杂誌于2003年7期、8期连续组织了两期重点，对SARS的流行病学、临床特点及成功救治经验等予以报导，并刊登“临床营养学有关专家对伴有营养不良的‘非典型肺炎’患者给予肠内或肠外营养支持的建议”；2008年“5.12”汶川地震，面对震后伤员救治出现的一系列问题，开闢“抗震救灾专栏”，对地震后挤压综合徵的内科防治、伤口感染、地震后患者抑郁、焦虑及睡眠障碍等进行报导，同期发表了王海燕教授的专论“加强跨学科合作、深入分析和总结地震伤害中的医疗经验”和陈香美教授的专论“提高对挤压综合徵的认识建立多学科联合的灾难救治队伍——汶川大地震救治启示”。

2003—2012年，杂誌共刊出专论256篇，平均每期刊出2—3篇。这些文章多是对学术观点的阐述，有些是针对当期某篇文章的点评，有些则是对当时临床或科研中的现象的评论或指导性建议。如胡大一教授的“关注非精神心理专业科室患者的精神心理问题”、林三仁教授的“如何看待氯吡格雷与质子泵抑制剂的联合用药”、李光伟教授的“糖尿病达标治疗中的低血糖不容忽视”、曾正陪教授的“应重视从高血压人群中鉴别原发性醛固酮增多症”、王拥军教授的“重视血管认知障碍”。

1989年，杂誌将“医家自述”栏目改为“内科论坛”，2003—2012年10年间该栏目共发表102篇文章。

2003年以来至2015年4月，杂誌在“继续教育园地”开展“关注血栓、减少血管事件”、“神经系统疾病伴发抑郁焦虑障碍”、“临床戒菸”、“肾素专题”、“关节炎专题”等10个系列讲座，共载文52篇。先后刊出“代谢性疾病肾损害”、“急性肾衰竭防治”、“焦虑抑郁”、“肠出血性大肠埃希菌感染”、“重症医学镇痛和镇静治疗”、“消化道出血”等22个涉及内科10个专业的专题笔谈，其中包含84篇讲座。

2000年开闢“标準与讨论”栏目，前3年刊出共识或指南不足10篇，进入2003年后其数量明显增加，截至2012年12期10年间共刊出106篇，平均每年刊出近11篇。

杂誌创刊伊始即设立了“临床病例（理）讨论”栏目，每期至少刊出1篇。截至2015年4月，已刊出400余例，其中2003—2012年共刊出129篇。1985年与1988年与天津科技出版社合作，先后出版2册《内科疑难病例讨论选编》；2003年底与江苏科学技术出版社合作，从1998年之后发表的临床病例（理）讨论病例中精选161例，按系统重新整理，并对每个讨论之后请专家进行点评，总结出该病例的诊断思路，指出诊治过程中的成功与失误之处。

2003年1月值《中华内科杂誌》创刊50周年，同年第4期出版了创刊50周年专刊，刊登了当时的国务院副总理李岚清、全国人大常委会副委员长吴阶平、前卫生部长钱信忠及当时的中华医学会副会长兼秘书长宗淑杰的题词。刊首游苏宁副总编辑与王海燕总编辑发表了“总编寄语”，“我与中华内科杂誌”栏目中，刊出了翁心植、罗慰慈、陈灏珠、陆道培、田庚善、贾博琦、张乃铮、赵鸣武、王世俊和赵金垣、张家埙11位老专家及张宏恺、孔华宇、武伯光3位老编辑部主任的署名纪念文章；武伯光和游苏宁两位主任回顾了“《中华内科杂誌》发展简史”；同时刊登了丁云秋等“《中华内科杂誌》近五年部分栏目引文分析”；侯鑒君等“《中华内科杂誌》读者调查报告”。2003年1月，为庆祝《中华内科杂誌》创刊50周年，经过3年编辑并出版了《中华内科杂誌》50年全文光碟及50年全文目次及作者索引。

2009年建国60周年之际，杂誌于2009年第10期设“庆祝建国60周年”专栏，发表了王海燕总编辑“与祖国同庆”、曾庆余副总编辑“铁肩挑道义妙手织文章——《中华内科杂誌》与祖国共进”及编辑部主任侯鑒君以编辑部署名的“与共和国一起成长”纪念文章。

《中华内科杂誌》被美国《Index Medicus》、Medline、荷兰《医学文摘》、CA化学文摘（美）（2014）、JST日本科学技术振兴机构资料库（日）（2013）、中国科技论文引文资料库（CSTPCD）、中国核心期刊（遴选）资料库、中国科学引文资料库（CSCD）、北京大学《中文核心期刊要目总览》（1992年、1996年、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）等资料库收录。

中国科技期刊引证报告（核心版）显示，《中华内科杂誌》2004—2011年总被引频次逐年上升，2011年达4020次，在内科学类期刊排名3、4名；影响因子呈逐年降低，至2009年探底后近两年回升趋势，在内科学类期刊2004年排第5名、2009年第20名、2011年第10名；他引率保持在0.96~0.98，2007—2010年均为0.98。

据2018年11月2日中国知网显示，《中华内科杂誌》总被下载585644次、总被引87333次、（2018版）複合影响因子为1.757、（2018版）综合影响因子为1.484。

据2018年10月30日万方数据知识服务平台显示，《中华内科杂誌》被引量为83301、下载量为826800；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，杂誌的影响因子为2.014，在全部统计源期刊（6735种）中排第180名，在内科学（73种）中排第2名。

1997年，在中国科学技术协会对所属杂誌进行第二次全国性评比中，获优秀期刊二等奖。

1998年、1999年，中华医学会杂誌社就中华系列杂誌的编辑质量进行评比，连续两年获得第一名。

2000年，在中国科协举办的“科技期刊出版知识竞赛”中获一等奖。

2001年，入选新闻出版总署颁布的“中国期刊方阵”的“百种重点科技期刊”；获中华医学会优秀期刊一等奖。

2002年底，在国家和中国科协的期刊评奖中，获得“第二届国家期刊提名奖”、中国科协“优秀学术期刊一等奖”。

2003、2004、2006年，获得百种中国杰出学术期刊。

2005年，获中国期刊界政府奖——第三届国家期刊奖。

2005、2008年，2次获得中华医学会优秀期刊一等奖。

2010年，被评为中华医学会优秀期刊。

1949年10月，《内科学报》 创刊，由当时卫生部副部长贺诚题写刊名。

1953年1月，《内科学报》改为《中华内科杂誌》，刊名由当时卫生部副部长、中华医学会会长傅连暲题写。

1976年1月，《中华内科杂誌》复刊以后，由郭沫若题写刊名。

贯彻党和国家的卫生工作方针政策，贯彻理论与实践、普及与提高相结合的方针，反映中国内科临床科研工作的重大进展，促进国内外内科学术交流。

以大小城市医师为主要对象，在普及的基础上提高，帮助他们解决内科範围的理论和技术问题，交流经验。

认真贯彻执行中国共产党和中国政府的有关方针、政策、法令，为中国的四个现代化服务，是刊物总体设计和导向的出发点。总体设计的目的是使杂誌既能集中反映《中华内科杂誌》领域当代医学的最新发展潮流，又能最大限度地适应和满足设定层面读者的实际需要，在实践中逐步完善和形成自己的风格与特色，以其巨大的吸引力强化《中华内科杂誌》的社会地位。