1992年12月在巴拿马举行的第十一次中美洲国家首脑会议决定，中美洲一体化体系自1993年2月1日起取代中美洲国家组织。总部设在萨尔瓦多首都圣萨尔瓦多。其宗旨是推动中美洲一体化，建立和平、自由、民主和发展的中美洲。总部设在萨尔瓦多首都圣萨尔瓦多。

1、中美洲国家首脑会议：最高决策机构，每半年召开一次会议，必要时召开特别首脑会议。

2、总秘书处：常设机构，秘书长由首脑会议任命，任期四年。

其他重要机构还有部长理事会、执行委员会、中美洲议会、中美洲法院、中美洲经济一体化银行等。

中美洲一体化体系共有8个成员国：贝里斯、哥斯大黎加、多米尼加、瓜地马拉、宏都拉斯、尼加拉瓜、巴拿马、萨尔瓦多。有26个观察员，其中区域内观察员9个，区域外观察员17个。

中美洲一体化体系的职能是协调和推进一体化进程，促进中美洲地区的和平、民主与发展。同时，它负责协调各成员国执行1986年以来召开的地区首脑会议达成的各项协定，以及监督这些协定的执行情况。

截至2017年6月，共举行了49次中美洲国家首脑会议。

2000年以来，中美洲一体化体系在推动中美洲地区一体化进程和开展区内交往方面发挥了积极作用。在中美洲共同市场基础上，体系通过首脑会议加强对地区巨观经济政策的协调并协商解决分歧，区内经济交往进一步活跃。

2004年6月，中美洲首脑会议在瓜地马拉城举行，本次首脑会议决定，取消各国总统和副总统自动获得中美洲议会议员资格的惯例。此外，与会首脑们还同意削减中美洲议会的开支，各国每年提供的会费预算将有所减少。

2004年12月，第25届中美洲国家首脑会议在萨尔瓦多圣萨尔瓦多举行，与会的各国领导人就改革中美洲议会和法院、加快建立海关联盟以及加强地区安全等问题达成了协定 。会议临时主席、萨尔瓦多总统萨卡在会后举行的新闻发布会上说，中美洲议会将建立一个特别委员会，专门处理在中美洲一体化进程中出现的问题。中美洲议会7个成员国在议会中的代表人数将由原来的每个国家20名改为3至20名。同时，各成员国将委派正式法官和候补法官各一名在中美洲法院任职，任期由原来的10年缩短为6年。

2007年12月，第31次中美洲国家首脑会议上，成员国签署了《建立中美洲关税同盟的框架协定》，该地区一体化迈出重要一步。

2009年6月，宏都拉斯因发生政变被中止成员资格，2010年7月，中美洲首脑特别会议就宏都拉斯恢复成员资格达成一致。

2013年6月，第41次中美洲国家首脑会议通过《关于中美洲一体化体系改革问题的决议》，并吸纳多米尼加为正式成员国。

2014年6月，第43次中美洲国家首脑会议通过“中美洲教育政策”。

2015年6月，第45次中美洲国家首脑会议就推进农村土地发展战略和海洋港口发展战略达成共识。

2015年12月，因大量古巴移民滞留哥斯大黎加问题未获解决，哥方宣布退出该组织政治活动。2016年6月，第47次中美洲国家首脑会议期间，哥方宣布恢复参加该组织政治活动。

2016年12月，第48届中美洲国家首脑会议上，除尼加拉瓜外的其他7个成员国签署了支持保障中美洲北三角国家在美非法移民权益的联合声明。

2017年6月，第49届中美洲国家首脑会议通过题为“制定地区战略议程，实现可持续发展目标”的《圣何塞宣言》，批准了中小微企业生产协作地区战略，强调加紧制定战略优先议程，强化秘书处作用，跟进落实峰会决议。

2017年12月，第50届中美洲国家首脑会议一致通过《中美洲交通物流区域政策框架》，以促进人员、资金和货物流动。会议还呼吁宏都拉斯各方在宪法体制框架内通过对话协商和平解决因总统选举结果产生的分歧。

2018年6月，第51届中美洲国家首脑会议通过了《圣多明各宣言》、《加强中美洲一体化体系体制建设特别声明》、《关于尼加拉瓜局势特别声明》等，并就域内外热点问题协调立场。

2018年12月，第52届中美洲国家首脑会议通过了《贝里斯宣言》和《关于咖啡种植、贸易的特别声明》，批准吸纳加拿大、玻利维亚、俄罗斯、瑞典、埃及、乔治亚为观察员。

中美洲一体化体系与华无正式关係。

2005年10月，中美洲5国尼加拉瓜、宏都拉斯、萨尔瓦多、瓜地马拉、哥斯大黎加及多米尼加与美国签署了自由贸易协定。

2007年，中美洲一体化体系与日本、韩国及加勒比共同体建立合作论坛。

2007年6月，第30次中美洲国家首脑会议通过《圣佩德罗宣言》，宣布将启动中美洲与欧盟伙伴关係协定谈判，协定由自由贸易协定、政治对话机制、合作机制三部分组成。2010年5月谈判结束。2012年6月，中美洲6国尼加拉瓜、巴拿巴、宏都拉斯、萨尔瓦多、瓜地马拉、哥斯大黎加与欧盟在宏都拉斯最终签署协定。2013年12月协定正式生效。

2013年12月，欧盟宣布将在未来6年提供12亿美元支持中美洲经济一体化、安全和气候变化等领域合作项目。

现任秘书长马科·比尼西奥·塞雷索·阿雷瓦洛（Marco Vinicio Cerezo Arévalo），瓜地马拉人，2017年6月当选，任期四年。