“鲸”是世界上最大的动物，但却生性温和，喜好群游，不过发起威来，排山倒海，令人咋舌。鲸的行动优雅稳重，当它在水中行进时，展现的曲线与弧度，更是力与美的结合。所以和信鲸取“鲸”作为吉祥物，代表和信企业团的精神，与棒球队所需要的团队默契

为提升球队整体战力，鲸队球团分别在民国八十七年与八十八年重金礼聘旅日名将郭源治、郭李建夫；九十年十二月请台湾棒球界“永远的本垒打王”林仲秋担任第二任总教练；其间，再次更名为中国信託鲸队（简称中信鲸队）；九十二年底聘请雅典奥运中华国家代表队总教练徐生明先生出任中信鲸第三任总教练。

1997年加入中华职棒联盟，母企业为中国信託。在加盟职棒前的业余联赛中，曾一举蝉联1994年春、秋两季冠军，更于秋季联赛中以十六连胜打破兄弟象业余时代十五连胜纪录。1996年春、秋联赛中，再度拿走冠军杯，同时创下四连霸纪录。鲸队在加入中华职棒第三年，即于1999年夺得球季排名第一的头衔，但在总冠军战中遭味全龙击败，错失最佳夺冠契机。

2002年，再度进入总冠军赛，但最后遭到兄弟象横扫（兄弟象已拿下上下半季冠军，先取得一胜优势）。

2003年中信鲸球团聘请台湾乐团糯米糰填词、谱曲、编曲，作成队歌《必胜》，收录于3月13日发行的宣传品“鲸英计画首部曲─战鼓若响”专辑中。

2003年10月9日，《壹周刊》第124期刊载《黑道收买职棒球员─中信鲸爆放水丑闻》，文中指涉中华职棒14年，中信鲸队有球员放水打假球，并且引起中信金控高层辜仲谅、罗联福的注意。唯文中除指出季中离队的洋投罗萨有放水嫌疑、以及二线投手苏立伟因与女友发生感情纠纷而传出绯闻外，并未点名其他球员。10月16日，125期壹周刊再刊载《职棒丑闻扩大─调查郭李建夫》，点名当时中信阵中王牌救援投手郭李建夫为放水球主力。报导刊出后，苏立伟女友更向媒体指称当时担任中信鲸总教练的林仲秋和主力二垒手林岳亮也有放水情事，均遭当事人否认。此次事件虽未有球员因此被起诉，然而造成苏立伟遭球队开除、总教练林仲秋辞职获準。

2007年8月23日，中信鲸队球员曾汉州、纪俊麟、王宜民、许人介、苏哲毅遭到台南地检署约谈，讯后五人分别被责付及饬回。8月25日，中信鲸队宣布与曾汉州、纪俊麟解除契约，被供出涉案的郑昌明、陈健伟、黄贵裕则遭球团无限期禁赛。此次事件已经是中华职棒近五年来第四度，而且是连续三年发生签赌打假球事件。中华职棒19年郑昌明、陈健伟、黄贵裕也相继被解约。本案经缠讼三年后，2010年9月30日由台南地方法院一审宣判，其中五名球员均无罪，吴健保则判刑两年、併科罚金新台币22万元。