波士尼亚战争可以分为三个阶段，第一个阶段当中，波士尼亚的民兵要对抗的是当时驻在波士尼亚的南斯拉夫人民军，使人民军撤离波士尼亚。

1992年5月，战争转变到第二阶段，在这个阶段当中，波士尼亚的克罗地亚裔与穆斯林联合对抗波士尼亚的塞尔维亚裔。 这些塞裔在1月宣布成立“波士尼亚与赫塞哥维纳的塞尔维亚人共和国(Republika srpskog naroda Bosne i Hercegovine)”， 8月又更名为塞族共和国。 塞裔藉其优势，将原先占有55%的土地扩张到约70%左右。 之后，塞裔的战斗的目标转向波士尼亚东北部，他们计画在这区建立一条连线塞尔维亚本土与塞尔维亚克拉伊纳共和国地区的走廊，并在1992年10月达成这项计画后。

1993年春天，战争转换到第三个阶段。为了争夺领地以及莫斯塔尔市的所有权，原先合作对抗塞裔的克裔及穆斯林之间爆发了战争。克裔想要以莫斯塔尔做为国家的首都，他们称这个国家为“赫塞哥－波士尼亚(Hrvatska Republika Herceg-Bosna)”有别于穆斯林的“波士尼亚与赫塞哥维纳共和国(Republika Bosne i Hercegovine, RBiH)”。

这样的局势维持了一段时间，在这段期间内产生了一些以民族主义观点来看非常弔诡的事情。克裔为了躲避穆斯林的攻击，躲到塞裔的阵地后面，而塞裔后来还护送他们安全回到自己的地区。 这时候，塞裔主要是在持续对塞拉耶佛施压，并且巩固他们已经占有的地区。直到1994年3月，签属了华盛顿协定，局势才开始又有所转变。这项协定在波士尼亚建立一个由穆斯林与克裔组成的波士尼亚赫赛哥维纳联邦，克裔与穆斯林再度站在同一阵线。

南斯拉夫内战