自然类景区内的生态系统可以分为陆地生态系统和水域生态系统。陆地生态系统中，根据各生态系统的植被分布情况，可分为森林生态系统、葶原生态系统、农田生态系统和城市生态系统等。水域生态系统中，又可分为海洋生态系统、湖泊生态系统和湿地生态系统等类型。