硒在地壳中的平均含量为0.05mg/kg（维诺格拉多夫，1962；泰勒，1964)。在各岩类中，火成岩中硒的含量接近于地壳含量，而沉积岩中的页岩及碳质和粘土质沉积物的硒含量较高。我国岩石中硒平均含量为0.073mg/kg（谭见安，1996）。同样，硒在岩石中的分异是不均匀的，特别是在沉积岩或沉积物中差异较大。这与它们的岩性和组成有关，一般含碳质高的细粒岩石或沉积物含硒高，如湖北恩施硒中毒区的碳质页岩含硒量可达280mg/kg，而分布在我国低硒带的紫色砂岩和黄土层，其含硒量多在0.05mg/kg左右。可见岩石中硒的地域分异与岩类有密切的关係。内生作用对于岩石中硒，特别是岩浆岩中硒的分布有主要作用。在岩浆的主要结晶过程中，硒未发生富集，所以造岩矿物的含硒一般接近于克拉克值或者更低。硒的富集发生在岩浆硫化物与硅酸岩浆发生分离的过程中，硒与硫同时进入到硫化物熔离体中，成为岩浆硫化物的杂质元素。因而硫化物的硒含量比克拉克值要高得多，可达数十倍至数乾倍。它在有关矿物中，是以类质同象进入硫化物晶格的。岩浆期后热水溶液活动、气成热液作用、火山和喷气活动等都对硒的富集产生不同性质和不同程度的影响。