直到18世纪末之前，奥地利是没有正式的海军的，虽然在与昔日地跨欧亚非三洲的封建神权大帝国——奥斯曼帝国的长期较量中，奥地利发展了在多瑙河作战的水上力量，在奥属尼德兰（今比利时）也有保护商船队的军舰，但并无海军建制，也没有统一指挥。

1756-1763的七年战争中，奥地利商船因为没有海军保护而饱受私掠船之苦。于是奥地利开始组建以护卫舰为主的海军。1797年，时任法军的义大利方面军司令的拿破仑挥师在义大利战场取得决定性胜利，奥地利军队遭到重创，威尼斯共和国被灭亡。1797年10月17日，法国与奥地利签署坎波福尔米奥条约（Treaty of Campo Formio）。条约决定奥地利向法国割让多块领土，包括：奥属尼德兰（即比利时）、地中海若干岛屿（包括科孚岛及其他威尼斯共和国在亚得里亚海的岛屿）。威尼斯共和国则被法国和奥地利瓜分，其中威尼斯（连同威内托/义大利语：Veneto）、伊斯特拉半岛和达尔马提亚（今克罗地亚沿海一带）归属奥地利。原属威尼斯共和国的海上力量与设施都随之归属了奥地利，并成为此后奥地利与奥匈帝国海军的基础。

1802年，奥地利在威尼斯建立皇家海军学院。后来该学院1848年迁往的里雅斯特（今属义大利），再后来又迁往阜姆（义大利语：Fiume，今为克罗地亚的里耶卡，克罗地亚语：Rijeka），直到1918年奥匈帝国解体。

1837年奥地利海军迎来了第一位有影响力的支持者-弗里德里希大公。他着手对海军进行改革和现代化，并使之奥地利化，而不再仅仅是挂着奥地利旗帜的威尼斯海军。

1840年，东方危机爆发。昔日地跨欧亚非三洲的封建神权大帝国——奥斯曼帝国治下的埃及的实际统治者穆罕穆德·阿里帕夏寻求建立一个由他自己统治的独立的埃及，英国、奥地利、普鲁士站在奥斯曼帝国一方进行干涉。由弗里德里希大公指挥的奥地利帝国舰队与英国皇家海军协同封锁了亚历山大港，炮轰了西顿、贝鲁特，并在阿克（Acre，或译做阿卡，今属以色列）组织了登入，攻陷了阿里帕夏的部队的城防。这是奥地利海军建军以来首次实战。大公本人也因此获得玛丽娅·特蕾莎（已故的奥地利历史上唯一的女性君主，1740-1780在位）勋章。1844年弗里德里希大公被提拔为海军中将和海军总司令，但1847年就不幸去世了，年仅26岁。

大公的死并没有使奥地利海军的奥地利化和现代化停止。海军中德语逐渐取代了义大利语，到1850年代初，奥地利海军的规模发展到4艘护卫舰，6艘巡防舰（Corvette，中国海军无此称呼，可视为介于护卫舰与驱逐舰之间的舰种），7艘双桅横帆船以及一些小型舰艇。

1854年，时任奥皇弗兰茨·约瑟夫一世（即着名的茜茜公主的丈夫）的弟弟，时年22岁的斐迪南·马克西米连大公成为海军总司令（此人1864年一度成为法国拿破仑三世在墨西哥扶植的墨西哥帝国的皇帝马西米连诺一世，但1867年就被墨西哥的共和主义者推翻并处死）。他狂热的扑到奥地利海军的工作上，进一步促进现代化工作，在任期间创建了的里雅斯特海军基地和一支强大的作战舰队，这支舰队在1866年普奥战争中在司令威廉·冯·特格特霍夫指挥下击败了作为普鲁士的盟国参战的义大利的舰队。

诺瓦拉号是奥地利海军一艘护卫舰，于1850年建成下水，以1849年拉德茨基伯爵指挥的奥地利军队在义大利米兰以西的诺瓦拉击溃试图统一义大利的撒丁王国的数量占优的军队的决定性胜利命名。1857年，该舰携其345名官兵和7名随舰科学家，由Bernhard von Wüllerstorf-Urbair準将指挥，开始了奥地利海军史上首次环球考察航行。这次航行由维也纳帝国科学院策划与準备，沿途考察天文、植物、动物、地理、海洋学和水文学。

诺瓦拉号1857年4月30日从的里雅斯特启航，经过直布罗陀、马德拉群岛、里约热内卢、开普敦、圣保罗岛（南印度洋上的法属岛屿）、锡兰（今斯里兰卡）、马德拉斯、尼科巴群岛（今属印度）、新加坡、巴达维亚（爪哇）、马尼拉、香港、上海、波纳佩岛（西太平洋加罗林群岛的一个岛），于1858年11月5日抵达悉尼，又经奥克兰、塔希提、瓦尔帕莱索（智利）、大西洋，于1859年8月30日返回的里雅斯特港。

这次环球探险，大大丰富了奥地利乃至人类的知识库存：首次从古柯叶中提取到了纯的古柯硷，奠定了圣保罗岛、尼科巴群岛和纽西兰的地理学研究的基础；海洋学的观测带来了该学科的若干革命；考察中做了全程的地磁场测量和记录，给该领域的研究提供了大量素材。

1864年，斐迪南·马克西米连大公赴墨西哥就任法国扶植的墨西哥皇帝时，正是乘坐的诺瓦拉号护卫舰。1867年他被处决后，也仍是诺瓦拉号把他的遗体运回奥地利安葬的。

1864年，普鲁士与奥地利联合进攻丹麦以夺取什勒斯维希-霍尔斯坦（当时在丹麦统治下，今为德国的一个州）。威廉·冯·特格特霍夫上校率领一支分舰队从地中海赶赴北海，5月9日于黑尔戈兰岛与丹麦海军交战。普鲁士海军的一艘明轮蒸汽舰和两艘炮艇与奥地利海军的两艘螺旋桨护卫舰组成的联合舰队与丹麦海军两艘螺旋桨护卫舰和一艘螺旋桨巡防舰交火。丹麦海军取得战术性的胜利，重创了普奥联军的旗舰，迫使后者退出战斗。

战事结束后，双方各自声称自己获胜，丹麦舰队返航后得到了英雄的礼遇，而特格特霍夫上校回国后也得以晋升为少将。这次海战也成为欧洲海战舞台上木质舰船的谢幕战，自1853-1855的克里米亚战争开始，至丹麦战争，欧洲各主要国家的海军基本上完成从木质帆力舰队到装甲蒸汽舰队的过渡。同时这也是世界海战史上丹麦的谢幕战，从此之后丹麦没有再参加过任何海战。

1866年，普鲁士为谋求实现德意志的统一，发动了普奥战争。义大利为得到威内托（威尼斯所在的大区，义大利语：Veneto），与普鲁士缔结盟约而对奥地利宣战。

虽然这场战争中，奥地利在北线被普鲁士军队击败，但在南线战场，奥地利陆军取得了辉煌的胜利，库斯托扎战役中，7.5万奥军击溃了12万义大利军队。义大利于是寻求依靠其在当时世界上比较先进的海军取得一些胜利以获取谈判的砝码。1866年7月20日，试图夺取奥地利在亚得里亚海的海军基地利萨岛的义大利海军，与特格特霍夫少将指挥的奥地利舰队爆发了利萨海战。

奥地利海军成功的击败了优势数量的敌军取得胜利。普奥战争以普鲁士的胜利告终，普鲁士吞併了汉诺瓦、什勒斯维希-荷尔施泰因、黑森-卡塞尔、法兰克福、拿骚和黑森-达姆施塔特的一部分，原以奥地利为首的德意志邦联解散，另成立以普鲁士为首的北德意志邦联。义大利虽然战场上没有捞到好处，但还是如愿以偿的得到了威内托大区。奥地利海军的主要基地于是从威尼斯移到普拉（今属克罗地亚）。