广州市南沙区人民法院成立于2005年9月30日，法院本部办公区位于广州市南沙区港前大道1号S3区。截至2014年11月，全院共有173人。在编干警100%具有本科以上学历，其中硕士研究生占37%，博士研究生占1.8%。

南沙法院现设有14个内设机构：政工办公室、监察室（纪检组与其合署办公）、办公室、调研科、刑事审判庭、少年审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、智慧财产权审判庭、执行局（下设执行一庭、执行二庭）、行政审判庭、审判监督庭、立案庭；1个行政直属单位：司法警察大队；4个派出法庭：南沙人民法庭、万顷沙人民法庭、大岗人民法庭、东涌人民法庭；1个事业单位：机关服务中心。

作为广州市年轻的基层法院，南沙法院自2005年建院以来，队伍从51人发展到173人，年收案数从一千余件增长到九千件，全院干警发扬艰苦创业、团结拼搏、锐意进取的精神，着力维护公平正义，护航新区发展。 在聚焦南沙新区建设上，南沙法院作为广东省第一家发布智慧财产权保护白皮书的基层法院，推进“三合一”审判机制，建立广州市首个环境资源审判合议庭，打造法治新区高地。在全市率先选任港澳籍人民陪审员，建立涉港澳案件商会协调机制，助力粤港澳合作示範区建设。在审判权运行和审判管理的改革上，南沙法院在全省率先正式建立法官会商制度，健全审判委员会讨论事项的先行过滤机制。深入推进并完善要素式审判与要素管理，建立专项法官工作机制，促进法官队伍向正规化、专业化、职业化方向发展。创建社区法官助理制度和司法协助联络制度，并将司法监督员纳入审务督察主体。在上级的支持下，南沙法院在全市率先推行轻微刑事案件快速审理机制暨刑事速裁，充分发挥拘役等刑罚的教育矫治作用，提升审判效率。与此同时，南沙法院积极创新矛盾化解机制，推行社区法官一站式服务，完善格线化司法服务机制，开展“订单式”司法服务。深化诉前联调，完善诉中调解，建立人民陪审员庭前调解制度，深化资深法官专门调解工作室建设，其中家事案件调解工作室调解率高达91.84%。 在全院干警的努力下，南沙法院先后荣获“全国工人先锋号”、“全国五四红旗团支部”、“全省无执行积案先进法院”等荣誉称号。南沙法院正乘着新区建设的步伐，扬帆起航，向着建设全国一流法院的目标奋力前行！

建院以来，南沙法院先后荣获“全国工人先锋号”、“全国五四红旗团支部”等国家级荣誉称号。受到省级以上表彰的先进集体4个，先进个人14人次；受到市级表彰的先进集体23个，先进个人69人次；受到区委、区政府表彰的先进集体55个，先进个人117人次。在2011年广东省法院人民满意度评查中，在全省128个基层法院中高居第七位。2012年，荣获广州市法院系统集体三等功，被广东省法院授予“无执行积案先进法院”的称号，团支部亦获评“2011-2012年度广东省五四红旗团支部”和“2012年度全国五四红旗团支部”。2013年获评“2013年度全市基层法院工作先进单位”称号。2014年荣获“全国工人先锋号”和“广州市模範职工之家”称号，并被确定为广州市司法公开示範法院。

2019年1月，最高人民法院决定授予广州市南沙区人民法院“全国优秀法院”称号。

2020年5月，广州市南沙区人民法院南沙人民法庭荣获最高人民法院“全国法院人民法庭工作先进集体”称号。