首先由法国物理学家和数学家昂·彭加勒于1905年提出，他认为，随着伦琴射线、放射性元素和电子的发现，相对论和量子论的建立，物理学以往的热力学原理、牛顿原理、质量守恆原理和能量永恆原理统统被推翻了，由此，现代物理学出现了深刻危机，这同时也是对物理学的客观性和外部世界实在性的否定。继彭加勒之后，一些唯心主义哲学家利用物理学界的混乱，加剧并扩大了这种危机，使之成为颇为流行的反科学的论调。列宁在《唯物主义和经验批判主义》一书中，详尽地考察和分析了现代物理学危机的来龙去脉，揭露了危机的实质，指出了摆脱危机的出路。这种危机的实质就在于唯物主义被唯心主义和不可知论代替了。摆脱危机的出路就在于以辩证唯物主义去代替形上学唯物主义，用唯物辩证法去指导自然科学研究。

危机是从不可捉摸的媒质"以太"开始的。1887年麦可孙－莫雷的寻找"以太"实验，实验结果同理论预测相反，否定了以太的存在，引起了物理学家的震惊。当时，英国的一名着名实验物理学家曾大声疾呼："我们仍然期待着第二个牛顿来给我们一种关于以太的理论，它将不仅包括电和磁的事实，光辐射的事实，而且还可能包括引力的事实。"为送别旧世纪，英国科学界最有地位的勋爵，于1900年4月27日作了题为《热和光的动力学理论上空的十九世纪之云》的长篇讲话，这位思想保守的"元老"认为经典物理学理论在本世纪末出现了两朵云。第一朵就是"以太漂移问题"；而第二朵云，是与比热有关的能量均分定理。

整个物理学就像是一个大谜，走到它的尽头，连整个世界是否存在都成了问题。在大自然中有很多现象，那幺理解它这些现象涉及到的物理学层次应该是较低的：在电磁学上有麦克斯韦方程，在流体力学上有斯托克斯方程就可以了。但同事实相比，电磁学和流体力学中目前所有的已知结构都是很简单的，如果那些现象在遵守电磁学和流体力学基本定律的情况下，形成这种自稳定自平衡的複杂结构，那它的数学描述一定是极其複杂的。就像黑白两子和见解的规则构成世界上最複杂的围棋一样。

现在的物理学基本是构架于爱因斯坦.牛顿.麦克斯韦定製的框架里，脱离了那些框架就什幺也证明不了，但是现在很多自然现象是与物理学以往的热力学原理、牛顿原理、质量守恆原理和能量永恆原理相孛的。所以被近代物理学家称之为现代物理学危机。