1977年“靖安一号”专案，宪兵司令部纳编原警备总部北、中、南三个警备营为宪兵239～241营。
1992年8月1日因应动员戡乱时期终止，整编宪兵（“忠爱专案”移编宪兵212、214、215、216、219、221、230、319、328营）、陆军及海军陆战队部分兵力，成立“海岸巡防司令部”，全衔为“台湾军管区司令部暨海岸巡防司令部”，取代原本警总于行政院治安会报的海岸巡防主导地位。海巡部任务为“反走私、反偷渡、反渗透”，后期加上“反突击”。11月1日“台湾军管区司令部”更名为“军管区司令部”，全衔改为“军管区司令部暨海岸巡防司令部”。此单位为参谋本部直属单位，不隶于陆海空军。
1999年因港口安检任务需求，再移编宪兵224、241营。
2000年1月，立法院三读通过“海巡三法”，同年2月1日军管、海巡分置，海巡署成立后，司令部全衔即改为“军管区司令部”，以历史沿革而言，军管部继承了警备总部以来的历史，海巡署则是被视为新的司法警察单位。
2002年3月1日配合国防二法实施，军管部全衔修订为“国防部后备司令部”，各地区“师管部”、各县市“团管部”均修订为“后备司令部”。
2006年1月1日联勤留守业务署及所属各地留守业务处（中心）、示範公墓管理处及忠烈祠管理组移编后备司令部。2月15日，各地区及各县市“后备司令部”修订为“后备指挥部”、“司令”改称“指挥官”。
2008年11月依精进案规划，后备司令由二级上将降编为中将。
2012年12月28日因应精粹案，并配合中华民国国防部组织调整，降编为“国防部后备指挥部”，部分业务交由退辅会管理。新兵训练中心之后备旅移编陆军；后备陆战旅则移编海军，成立陆战队新兵训练中心。