一、短吻鳄科(鼍科)

短吻鳄科是真鳄亚目下属的一个科，包括短吻鳄属、凯门鳄属、黑鳄属、古鳄属共4属8种，其中短吻鳄属有美国短吻鳄、扬子鳄2个种，凯门鳄属有凯门鳄、宽吻凯门鳄、巴拉圭凯门鳄3个种，黑鳄属只有黑鳄1个物种，古鳄属有钝吻古鳄、锥吻古鳄2个物种。

二、鳄科

鳄科是真鳄亚目下属的一个科，包括鳄属、狭吻鳄属、侏鳄属共3属16种，其中鳄属有美洲鳄、Crocodylus halli、奥利诺科鳄、澳洲淡水鳄、菲律宾鳄、危地马拉鳄、尼罗鳄、新几内亚鳄、泽鳄、湾鳄、古巴鳄、暹罗鳄、西非尼罗鳄13个物种，狭吻鳄属有非洲狭吻鳄、细喙窄吻鳄2个物种，侏鳄属只有侏儒鳄1个物种。

三、长吻鳄科

长吻鳄科是真鳄亚目下属的一个科，包括长吻鳄属、切喙鳄属共2属2种，其中长吻鳄属只有恒河鳄1个物种，切喙鳄属只有马来鳄1个物种。