重庆市农产品质量安全监督检验中心经重庆市机构编制委员会《关于重庆市农产品质量监督检验测试中心更名及重庆市农产品质量安全中心增挂牌子的批覆》（渝编[2006]597号）档案批准于2006年12月29日成立。

中心的主要职责是：受理农产品质量安全认证申请，对申请人的生产条件与质量保证能力进行评估和认定，对获得农产品质量安全认证产品进行监督管理，农产品质量安全监督和检验测试，开展农产品质量安全业务指导、技术培训；受重庆市农业局委託，制订发展绿色食品的方针、政策、规划，组织编制绿色食品标準，承担绿色食品标誌具体管理，检验检测绿色食品产品，组织开展编外人员科研、培训和技术推广、示範基地建设。