首先应该肯定土地承包经营权流转司法救济的积极意义。

(1)土地承包经营权流转纠纷司法处理的专业性优势能够在一定程度上增强纠纷处理的公正性。在当前，相当一部分土地承包经营权流转纠纷本身就是农村集体经济组织乡(镇)基层政府等的原因引起的。这些原因主要有一是乡(镇)、村管理服务的缺失。绝大多数乡(镇)没有行之有效的土地承包经营权流转管理制度，而农村集体经济组织对土地承包经营权流转方面的管理也近乎空白，这就使农村土地承包经营权的流转处于一种无序的状态。二是土地承包经营权证书发放不到位。土地二轮承包时，很多村为解决历史上遗留的欠缴经费问题、计生问题，而将农户的证书扣留不发，有的村因农户相互之间存在矛盾也将矛盾户的证书暂且扣留后又忘了发放。没有发放承包经营权证书的农户进行的承包经营权流转，比已经发放证书的流转产生纠纷的机率要高得多。三是村干部法律素质较低。多数村干部对《农村土地承包法》一知半解，不完全知道法律规定的流转形式及其相应的法律后果，对农户报到村里的流转行为的管理也不依法进行，既不要求农户签订书面协定，也不按规定办理批准转户或备案手续。在上述情况下，土地承包经营权流转纠纷通过乡(镇)村组织调解处理很难有好的效果，而土地承包经营权流转纠纷司法处理的专业性优势能够在一定程度上增强纠纷处理的公正性。

(2)土地承包经营权流转纠纷司法处理机制的建立,将农村集体经济组织、乡(镇)基层政府等土地流转关係人在土地承包经营权流转中的种种非法行为置于司法的监督之下，为土地承包经营权流转当事人的合法权益保护提供了最后一道屏障。在土地承包经营权流转实践中，一些乡(镇)、村干部的非法干预或者与民争利直接导致了纠纷的发生。在这种情况下，土地承包经营权流转司法处理为流转当事人利益的保障提供了一个最后保障机会。

(3)土地承包经营权流转纠纷的司法处理着重调解的做法，提高了土地承包经营权流转纠纷的处理效果。不仅相关司法解释强调在此类案件审理中要充分发挥调解的作用，而旦在司法实践中，基层法院特别注重调解处理此类纠纷。据笔者对岳阳市(包括下属县、市)範围内法院系统此类案件审理情况的了解，几乎所有的案件都是採用调解结案的。基层法官大量促成调解方式结案，提高了土地承包经营权流转纠纷的处理效果。

儘管如此，土地承包经营权流转的司法救济仍存在难以解决的矛盾。一般而言，以事实为依据、以法律为準绳是我国司法的一般原则，我国司法的目的在于实现个案公平与社会公平的统一。但在土地承包经营权流转纠纷的司法审理中，往往存在这样的矛盾，即坚持依法裁判并不一定能实现个案公平与社会公平，甚至不利于社会的稳定。正如有学者所言：“重当事人举证就难以保证审判结果公正，因为很多流转户之间根本没有流转协定，举不出证据来；重个案的法律公正又难以兼顾审判的社会效果，因为一案的裁判结果可能引发大量流转户之间的纠纷和诉讼，如连锁流转中，如果其中一个流转环节上的受让户败诉，必然引发整个流转锁链上农户之间的矛盾，但考虑基层社会稳定又可能侵害农民的合法权益；保护农民利益依法公正裁判，又可能因基层组织的不理解不配合导致裁判难以顺利执行；有些案件儘管法院裁判并无不公，但败诉的当事人会不断抗诉、申诉、上访。这样一来，法院不仅没有解决纠纷，还成了被信访的对象，而且当事人也因为自身的行为，使纠纷解决的成本不断上升，成为基层稳定的隐患。正是因为上述矛盾，法院在审理土地承包经营权流转纠纷案件时极力促成调解结案，这虽有利于案件的执行，但往往是各打五十大板，有时在很大的程度上偏离了法律与事实，并不利于对受害一方利益的保护。