1970年12月26日，周恩来总理接见农林、卫生、外交等部门主要负责人时说：“我们不要做超级大国，不能不顾一切，要为后代着想。对我们来说，工业‘公害’是个新课题。工业化一搞起来，这个问题就大了。农林部应该把这个问题提出来。农业又要空气，又要水”。

1971年8月，原中国农林科学院生物所（原715所，河南洛阳新安县）成立了“防公害”研究组，开始从事防公害研究。

1972年，在“防公害”研究组基础上成立以防公害为主要任务的第四研究室。

1973年，第四研究室更名为农业环保研究室。

1979年3月，农业部给国家农委、计委、科委和国务院呈报了“关于调整农业生物研究所方向、任务和建立农业部环境保护科研监测所、全国动物检疫所的请示报告”。4月12日，经李先念、余秋里批准，即在原中国农科院生物研究所环保室基础上筹建农业部环境保护科研监测所，原址在河南省洛阳地区新安县。5月，经国务院批准，商得天津市同意农业部环境保护科研监测所在天津筹建，并成立建所工作领导小组和基建办公室。5月14日，农业部宣布农业部环境保护科研监测所在天津成立，为农业部直属科研单位。

农业部环境保护科研监测所

1979年5月，农业部环境保护科研监测所直属农业部领导。

1983年，设立了农业部农业环境监测中心站。

1997年4月，农业部环境保护科研监测所归中国农业科学院管理。

1999年，农业部环境保护科研监测所开始招收研究生。

2002年，被科技部、财政部、中编办批准为非营利性科研机构。

2013年11月，入选中国农业科学院科技创新工程第二批试点研究所。

2016年，被国家外专局授牌建立“农业面源污染监测及防治技术”国家引进国外智力成果示範推广基地。

截至2015年11月，农业部环境保护科研监测所在职职工129人，其中科技人员123人，具有高级专业技术职务的人员62人，博硕生导师42人。引进海外高层次人才1人，中国科学院百人计画人才1人，农业部农业科研杰出人才2人，中国农科院“青年英才计画”引进人才2人，天津市“131”创新人才工程第1层次6人，天津市青年拔尖人才1人，天津市创新人才推进计画“青年科技优秀人才1人，“科研英才培育工程”院级入选者1人，“科研英才培育工程”所级入选者2人。

海外高层次人才引进计画：翁莉萍

新世纪优秀人才支持计画：漆新华

中国科学院百人计画：侯彦林

中国农科院青年英才计画：漆新华、李永涛

农业部农业科研杰出人才：徐应明

截至2016年底，农业部环境保护科研监测所共建立22个科技研究平台，其中有农业部环境监测总站、2个国家级示範基地、7个农业部创新平台、5箇中国农科院创新平台、2个研究所级管测试验站、3个天津市创新平台、3个国际联合实验室等，设有农业环境污染修复研究中心、农业环境监测与预警研究中心、农业生态与环境治理研究中心3个领域中心以及农业生态环境及农产品质量安全司法鉴定中心。

国家级示範基地：国家引进国外智力成果示範推广基地、国家农业科技集成创新与产业化示範基地

农业部环境保护科研监测所

农业部创新平台：农业部产地环境污染防控重点实验室、农业部农产品质量安全环境因子控制重点实验室、农业部农产品质量安全风险评估实验室、农业部城市污水处理后灌溉农田安全控制实验室、农业部环境质量监督检验测试中心（天津）、农业部转基因生物生态环境安全监督检验测试中心（天津）、农业部大理农业环境科学观测实验站

中国农科院创新平台：中国农科院农产品质量安全风险评估实验室、中国农业科学院农业环境与农产品安全重点开放实验室、中国农科院大理农业生态环境重点野外科学观测试验站、中国农科院湘潭综合实验基地、中国农业科学院武清转基因生物农田生态系统影响野外科学观测试验站

研究所级管测试验站：彭州农产品产地环境野外科学观测试验站、藁城农业生态环境野外科学观测试验站

天津市创新平台：天津市规模畜禽养殖场环境污染控制技术工程中心、天津市农田生态与环境修复技术工程中心、天津市农业环境与农产品安全重点实验室

国际联合实验室：中瑞农业和环境技术联合实验、中芬农业环境技术联合实验室、中新生物炭与农业环境联合实验室

截至2017年1月，农业部环境保护科研监测所拥有大型仪器设备80多台（套）。

农业部产地环境污染防控重点实验室在“十二五”期间购置各类仪器设备68台套，总价值达2755万元。拥有底本底伽马能谱仪、超高效液相色谱仪/四极桿/飞行时间串联质谱仪、ICP-MS、气/质/质联用仪、液/质/质联用仪、气/质联用仪等大型仪器100多台套；截至2017年1月，拥有14000平方米的实验大楼，1600平方米的温室、网室、样品处理室等实验辅助用房，25000余平方米的其它公用设施等。

截至2017年1月，农业部环境质量监督检验测试中心（天津）拥有液相色谱-四级桿串联飞行时间质谱仪、气相色谱-四级桿飞行时间质谱联用仪、电感耦合电浆质谱仪等大中型仪器设备50余台套，仪器设备总值3500万以上；农业部转基因生物生态环境安全监督检验测试中心（天津）配备有转基因成分检测和环境安全检测专用仪器设备，包括实时萤光PCR仪、梯度PCR仪、酶标仪、洗板机、蛋白质纯化仪、GC/MS、超微量分光光度计、携带型昆虫采吸器等主要仪器设备40余台（套）。

截至2017年1月，天津市规模畜禽养殖场环境污染控制技术工程中心拥有ICP-MS、气/质/质联用仪、液/质/质联用仪、气/质联用仪、原子吸收、携带型光合仪（LI-COR）、定量PCR仪、凝胶成像系统、紫外分光光度计、显微镜、凯氏定氮仪、变性梯度凝胶电泳系统、电泳仪、酶标仪、蛋白电泳系统、蛋白双向电泳系统、土壤总有机碳（TOC）测定仪以及其它常规实验仪器等大中型精密仪器100多台套；天津市农田生态与环境修复技术工程中心购置了ICP-MS、流动分析仪、红外光谱仪、植物生长监测系统、气谱、液谱、原子吸收、携带型光合仪（LI-COR）、凝胶成像系统、显微镜、电泳仪及其它常规实验仪器等大中型精密仪器30多台套，固定资产总值达400万元。

截至2015年11月，农业部环境保护科研监测所先后主持承担国家、省部级纵向类科研项目600余项，取得成果300余项，其中获国家和省部级奖励100余项，获得国家授权专利50项。在国内外学术刊物发表论文1800余篇，主编或副主编出版着作50余部。

《农业环境科学学报》是农业生态环境领域的全国性学术类科技期刊，由农业部环境保护科研监测所和中国农业生态环境保护协会联合主办，主要刊登农业生态环境领域具有创新性的研究成果，包括新理论、新技术和新方法。被中文核心期刊、中国科学引文资料库核心期刊（CSCD）、中国科技核心期刊、俄罗斯《文摘杂誌》（AJ）来源期刊、美国《化学文摘》（CA）来源期刊、英国《农业与生物科学研究中心》（CABI）来源期刊、美国《剑桥科学文摘（自然科学版）》（CSA（Natural Science））来源期刊、美国《史蒂芬斯资料库》（EBSCO）来源期刊、《日本科学技术振兴集团（中国）资料库》（JST China）来源期刊、美国《乌利希期刊指南（网路版）》（Ulrichsweb）来源期刊等收录；被评为中国精品科技期刊、中国国际影响力优秀学术期刊、中国权威学术期刊、全国农业期刊金犁奖学术类期刊一等奖、全国优秀资源期刊、天津市优秀期刊、天津市一级期刊。

《农业环境科学学报》

《农业资源与环境学报》是由农业部主管，农业部环境保护科研监测所、中国农业生态环境保护协会联合主办的全国性学术类科技期刊，主要报导和交流农业资源、农业环境等领域的新理论、新技术、新方法和实践经验，为促进农业资源与环境学科发展提供理论技术支持。设有战略与综述，土地资源，养分资源，水资源，生物质资源，产地环境与农产品安全，生态农业，生物多样性保护，乡村环境，数据挖掘与信息化等主要栏目。被中国科技核心期刊、中国学术文摘资料库核心版（CSAD）来源期刊、美国《化学文摘》（CA）来源期刊、英国《农业与生物科学研究中心》（CABI）来源期刊、瑞典《开放存取期刊目录》（DOAJ）来源期刊、美国《史蒂芬斯资料库》（EBSCO）来源期刊、美国《乌利希期刊指南（网路版）》（Ulrichsweb）来源期刊等收录。被评为天津市优秀期刊、天津市一级期刊。

《农业资源与环境学报》

截至2017年1月，农业部环境保护科研监测所拥有学术学位授权一级学科硕士点3个、学术学位授权二级学科硕士点5个、专业学位硕士授权类别1个、专业学位硕士授权领域1个、学术学位授权一级学科博士点2个、学术学位授权二级学科博士点4个。

农业部环境保护科研监测所

学术学位授权一级学科硕士点：生态学、环境科学与工程、农业资源与环境

学术学位授权二级学科硕士点：农业生态学、环境科学、环境工程、植物营养学、农业环境学

专业学位硕士授权类别：农业推广

专业学位硕士授权领域：农业资源利用

学术学位授权一级学科博士点：生态学、农业资源与利用

学术学位授权二级学科博士点：农业生态学、土壤学、植物营养学、农业环境学

截至2015年11月，农业部环境保护科研监测所拥有研究生近100人，共有硕博导师41人；与南开大学、东北农业大学、瀋阳农业大学、华中农业大学、河南农业大学、新疆农业大学、湖南农业大学、山西农业大学、天津农学院、天津理工大学、甘肃农业大学等高校开展联合培养研究生200多人；与东北农业大学、瀋阳农业大学、华中农业大学、吉林农业大学、云南农业大学、新疆农业大学等高校签订战略合作协定并开展联合培养研究生。

截至2017年1月，毕业的硕士研究生有40%的学生进入科研机构，8%的学生进入政府部门，8%的学生进入教学单位，14%的学生进入科技型企业，25%的学生继续攻读博士，5%的学生出国留学。

硕士：在中国农业科学院研究生院学习期间（第1年）研究生院每人每月发放1500元基本生活津贴；在研究所学习期间（共2年）每人每月研究所按时发放1200-1800元助研津贴、研究生院发放800元基本生活津贴，总计2000-2600元/月。

博士：在中国农业科学院研究生院学习期间（半年）研究生院每人每月发放2500元基本生活津贴；在研究所学习期间（共2.5年）每人每月研究所按时发放2300-3300元助研津贴、研究生院发放1000元基本生活津贴，总计3300-4300元/月。

农业部环境保护科研监测所设有新生入学成绩优异奖（10000元/人）、优秀推免生奖（免三年学费）、推免生奖（免一年学费）、课程学习优秀奖（颁发证书）、中期考核优秀奖（1000元/人）、优秀学生干部（1000元/人）、社会活动优秀奖（1000元/人）、优秀毕业生（2000元/人）、先进班集体（2000元/班）、志愿服务西部和基层单位奖（1000-3000元/人）、研究生学业奖学金（5000-12000元/人（硕士）、8000-15000元/人（博士））、研究生国家奖学金（20000-30000元/人）。

学生获得全国优秀博士学位论文奖的，奖励60000元/人，获得全国优秀博士学位论文提名奖的，奖励30000元/人，获得北京市的优秀博士学位论文，奖励30000元/人，获得院级的优秀博士学位论文，奖励20000元；获得院级优秀硕士学位论文，奖励10000元，获得高水平论文奖，奖励10000元/篇。

监测所还设有大北农励志奖学金、孟山都”奖学金、天根奖学金、先正达奖学金、三仪奖学金、天邦奖学金、陶氏益农奖学金、“拜耳作物科学”奖学金、“金龙鱼”优博奖学金、发展研究奖学金等企业机构奖学金。

截至2015年11月，农业部环境保护科研监测所先后与美国、欧盟、加拿大、纽西兰、芬兰、瑞典、FAO等国家、国际组织和机构建立了合作和联繫，是中英可持续农业创新协助网第四工作小组牵头单位。在循环农业、面源污染防控、农业生态补偿、农业清洁生产、农业废弃物资源化利用等领域开展国际合作与交流、举办国际会议。

农业部环境保护科研监测所以灰蓝色为底色，中间的图案是由英文简称APEI的艺术图案形成的。

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所训：创新求是，协和笃行