新疆维吾尔自治区农村合作经济经营管理局是新疆农业厅直属单位。

负责农村土地承包、农村土地承包经营权流转和农村土地承包纠纷调解仲裁工作；负责农民负担监督管理及涉及农民负担的重大案（事）件查处和信访工作；负责农村集体资金、资产、资源（三资）管理与农村集体经济组织审计；负责农村各类合作经济组织建设与发展；负责农村经济运行监测统计及农民收入分析统计等。