行政赔偿责任的主体实质上是国家，导致损害发生的行政机关只是行政赔偿义务机关。之所以说赔偿主体是国家，主要是因为赔偿费用实际由国库支出，列入各级政府财政；行政许可机关只是负责处理具体的赔偿事务，如收集证据，确定是否赔偿和赔偿数额，出庭应诉，决定是否与被害人和解以及最后支付赔偿金等。《行政许可法》第七十六条规定，行政机关违法实施行政许可，给当事人的合法权益造成损害的，应当依照国家赔偿法的规定给予赔偿。