在一个中原人称蛇岛的荒岛上，绝世高手独龙尊者突然因练功而走火入魔，临死前吩咐其抚养孤儿金世遗（林峯饰）带同一信函回中土务必交给邙山派掌门吕四娘（白茵饰），金世遗于是黯然神伤离开蛇岛，自金世遗踏入中土起，便是他命运转变的开始……

才踏入中原的金世遗因衣衫破烂被误会为丐帮弟子而被丐帮拉往捲入与少林派的纷争之中。西门牧野受乾隆之命要破坏武林各派团结，于是西门牧野派出杀手厉胜男（叶璇饰）暗中挑拨两派，纷争因此而起；另外，想学得一身好武功而名利双收的江南也随着少林派而至；同时间，振鹰镖局天之娇女李沁梅也瞒着父母来凑热闹。正当两派大打出手之际，入世未深之金世遗却无意中大显身手，令奉吕四娘之命前往化解纷争之邙山派弟子谷之华（李彩桦饰）惺惺相惜，亦令江南（陈国邦饰）自此非要跟随金世遗学武不可，更令李沁梅（罗敏庄饰）视他为白马王子，也令厉胜男被他破坏大计而恨之入骨。

金世遗天生纯真不懂男女有别，令谷之华啼笑皆非之余对金世遗有更深刻认识，二人不知不觉间互生情愫……另一方面，厉胜男一心想向金世遗进行报复，于是设法跟金世遗混熟，颠倒是非黑白骗其对付正派人士，令金世遗惹祸却懵然不知，但厉胜男反因此被金世遗之纯真可爱胸无城府，不知不觉间对他孕育出一丝微妙感情来……谷之华终于把金世遗带至邙山见吕四娘，原来独龙尊者之信函乃向好友吕四娘澄清当年行刺雍正之事自己并没有卖友求荣，还有另一事是希望吕四娘以邙山派之纯正内功替金世遗化解其体内强横魔功。可是事与愿遗，吕四娘却因故圆寂，此事更惹出大祸令邙山派代掌门及众弟子误会金世遗害死吕四娘，谷之华与金世遗百辞莫辩伤心离开，金世遗不住安慰，二人感情大进，决一起闯蕩江湖。厉胜男知道金世遗锺情于谷之华，正是男女感情岂容第三者，所以一路上不断向谷之华进行拖延及搞破坏。

金世遗等人来到了火山岛并开始寻找武功秘岌，过程中厉胜男常常因呷醋而与谷之华斗气，金世遗夹在二女之间不胜其烦……而另一方面一直觊觎武功秘岌之孟神通亦与手下跟蹤至岛上来，众人下船即在岛上搜寻金世遗等人。金世遗开始对厉胜男熟识岛上地形而奇怪，一次厉胜男成功把谷之华激走，时有怪人突然袭击金世遗，对方不但武功高强更惊讶的是其所使乃是修罗阴煞功，厉胜男更突然跪地向怪人大叫“叔父”，金世遗终于明白厉胜男之所以对岛上地形熟识全因她拥有家传地图。另方面，而谷之华在岛上遇上了孟神通，谷之华不敌孟神通并被活擒，而金世遗更因为救二女致走火入魔，最后孟神通抢得秘岌下半部并带走谷之华上船离开。

当金世遗与厉胜男回到中原，才知道武林中掀起了一场浩劫，原来孟神通魔功大成之后，狠子野心欲一统武林，于是向各大门派广发英雄帖，于邙山进行比武大会，谷之华终于明白孟神通是不会为自己而放下屠刀，唯有失望逃离孟家堡。正派中人均不敌孟神通，时金世遗与厉胜男出现打救众人，众人惊觉金世遗还未死，虽然金世遗与厉胜男二人合力可抵抗孟神通，但西门牧野突然带同十数西藏黄衣高手出现对付众正派中人，此举把各门各派打成一盆散沙，非死即伤，而众掌门亦被活捉，最后只有金世遗与厉胜男及时逃脱。原来西门牧野早与孟神通勾结，利用孟神通来对付各门派以一网打尽，但孟神通野心要自己向乾隆邀功，希望乾隆封自己为国师，西门牧野不满孟神通以下犯上，二人一言不合，就决裂大战上来，而金世遗与厉胜男早已混入军中，伺机先救出各派被俘掌门，并与西门牧野及孟神通作最后决战。

1、《云海玉弓缘》是演员李彩桦第一部电视剧作品。

2、该剧是是香港无线2003年力推的首部武侠剧，由萤屏情侣林峯和叶璇主演。