1975 年 3 月兵团建制被撤消，兵团各级军事法院相应併入自治区高级人民法院及地、州、市所在地中级人民法院。 1981 年 12 月兵团恢复建制。 1983 年 11 月，兵团公、检、法、司及监狱管理等机构恢复建立。恢复组建后的兵团法院按三级设定，行使普通法院的审判权，死刑案件由自治区高级人民法院覆核。 1998 年 12 月 29 日全国人大第九届第六次会议确立了兵团法院的法律地位，并就其机构设定、监督关係、人事任免、案件管辖等问题作了原则性规定。 2000 年 5 月，兵团各级法院改五角星印章而启用国徽印章。兵团法院系统现设有三级 36 个人民法院，其中，作为自治区高级人民法院的派出机构兵团分院设在乌鲁木齐市，在全区 10 个地州市所在地的农业师设有 10 箇中级人民法院，农十三师（原哈密农场管理局）和农牧团场相对集中的垦区，设有 25 个基层人民法院，并派出 30 个人民法庭。现有人员编制 931 名。兵团分院管辖兵团各中级人民法院判决的除死刑（含死缓）案件以外的二审案件、辖区内标的 1000 万元以上的一审案件，其判决和裁定为自治区高级人民法院一级的判决和裁定；师中级人民法院行使地州一级中级法院的审判许可权；垦区人民法院行使县级基层法院审判许可权。兵团分院业务上受自治区高级人民法院的监督、指导，同时监督指导所属中院、基层院的审判工作，党政工作接受兵团党委的领导。

兵团三级人民法院各项建设在历年工作基础上，随着法律地位的确立和各方面关係的进一步理顺正在逐步加强 。尤其是 1998 年以 来，审判职能充分发挥，全系统每年受理各类案件 3 万多件。严厉打击各类严重刑事犯罪，依法调整民事关係，定止纷争，维护和保障了国家安全和社会政治稳定、经济有序进行，为我党屯垦戍边事业的发展提供了有力的司法保障。实行了立审、审监和审执“三个分立”、公开审判制度和普通刑事案件简化审、民事诉讼简易程式、审判流程管理制度、民商事审判体系、执行工作统一管理和协调体制以及干部人事制度改革。 积极落实司法为民举措，开展 便民、助民和亲民活动。 基建和装备建设取得历史性进展 。 法官职业化建设向前推进，开闢了兵团法院法官培训基地， 全系统现有法官中 本科以上学历人员占法官总数的 45 %左右。 1 999 年农六师法院法官 赵萍率先当选“全国十大人民满意的好法官”， 2004 年农十师北屯垦区人民法院及其院长曹忠华步入全国模範法院、全国模範法官行列。现全系统己拥有全国、自治区以及兵团政法单位先进集体 82 个，先进个人 186 人。 创省、地、县级文明单位的法院总数达到 32 个，占 88.89% 。