新疆生产建设兵团第十三师中级人民法院是一个年轻的法院，2009年4月9日经最高人民法院批准成立，依法行使普通中级人民法院职权，管辖新疆生产建设兵团第十三师辖区範围内应属中级人民法院管辖的案件，2010年3月开始受理案件。法院综合审判楼坐落在哈密市大营房新建路与青年北路交汇处。全院现有在编人员28人，其中本科23人，硕士2人，法院队伍呈现出知识化、年轻化、专业化的特点。

新疆生产建设兵团第十三师中级人民法院内设诉讼服务中心、民事审判一庭、民事审判二庭、刑事审判庭、行政审判庭、审监庭、执行局（庭）等七个业务部门及政治部、监察室、办公室、审管办、研究室、司法警察支队等六个综合部门。