物流系统设计仿真是指藉助于计算机开展柔性自动化物流系统方面的设计工作。物流设备的选择与布局最佳化、自动化立体仓库的设计、AGV设计与调度、缓冲站设计、机器人（机械手）功能的开发与套用、物流系统的评价分析等都是现代物流系统设计正在解决的问题。神经网路、模糊控制、面向对象设计等新理论、新技术不断得到套用，物流系统设计正朝着智慧型化、集成化方向发展。特别是以AGV、机器人为输送工具，具有高度柔性的物流系统正成为研究的热点。
物流系统涉及的因素很多，往往难以建立数学解析模型。因此，计算机仿真就成为人们用来分析和改进物流系统设计最常用的手段。仿真模型可以採用形式化建模或非形式化建模方法来建立，但这两种方法均存在弊端。因此，出现了将上述两种方式融合的複合建模方法。即将面向对象的概念引入Petri网技术中，按面向对象的概念对网进行分类与抽象，形成层层子网的树形结构。模型的可信性和所需数据的採集是仿真中的两个难点问题。