电子商务套用系统是电子商务系统的核心，它对企业电子商务活动提供具体的支持。前面所阐述的各个部分都是为该部分提供不同的环境和技术支持。电子商务套用系统一般是在Web Server之上，由套用开发人员根据企业特定的套用背景和需要来建立的，它实现企业套用逻辑所需要的各种功能。
其基本特徵为：
①在Web之上建立，以实现企业的商务模型为目标；
②使用各种与Internet相关的技术手段（如TCP/IP、HTTP等）实现企业的业务逻辑；
③依赖于底层的支持平台，并需要和底层平台紧密集成；
④是一种分散式的套用体系，採取B/S的计算模式；
⑤处理结果通过多种形式加以表达，支持多种信息终端。