故事由陈永仁与刘建明在警校大门外擦身而过开始。1991年，倪氏家族当时稳坐香港尖沙咀的黑帮龙头位置，旗下有五大头目分别控制了不同的地区。但龙头倪坤突然被枪杀，当晚，除了新晋头目的韩琛(曾志伟饰)之外，其余四大头目均欲伺机夺取老大的位置。重案组督察黄志诚(黄秋生饰)及陆启昌(胡军饰)也加紧布署防範，各方都将陷入一触即发的火线状态中。倪家接班人倪永孝(吴镇宇饰)城府极深且心狠手辣，竟凭他一己之力，不费一兵一卒便牵制住四大头目，成为新任龙头，也因此引起了重案组黄督察对他的警惕，于是派警校的学生陈永仁(余文乐饰)以被开除的身份作为掩盖，渗入倪家进行长期的卧底。另一方面，韩琛为巩固势力，也早已安排手下刘建明(陈冠希饰)考进警察部作为自己的卧底。五年后，陈永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要职。刘建明也凭着向警队提供韩琛的情报扶摇直上，并且对韩琛女友Mary(刘嘉玲)渐生情愫。倪永孝在一切稳固之后，决定将五大头目一举歼灭，使自己的龙头地位名副其实，于是一夜之间，曾经背叛倪氏家族的四大头目同时被杀，而韩琛也在泰国受袭下落不明，就连Mary和陆启昌也没有逃过此劫。黄痛失好友，决意联合重出江湖的韩琛向倪永孝反击，但没想到韩琛经历大变，早已不是当初的韩琛，比倪永孝更富有心机，难以控制。倪永孝势力被彻底清除，黄志诚督察将韩琛的画像挂在自己对面的墙上。

由于余文乐再次与传闻中的死对头陈冠希合作，为了避免冲突与尴尬，电影公司大老闆林建岳特别到拍戏现场，分别与两位新生代男星说说话，以免两人再度引发不悦事件，影响拍摄进度。而余文乐与陈冠希非常给大老闆面子，展现了应有的风度，更不时在公开场合有说有笑。

儘管《无间道2》整体质量逊于首集，但仍不失为一部精彩用心的佳品，尤其某些局部情节的处理还令人有惊喜之感，实为难得。须知作为前传，往往会因受制于首集的故事情节及人物性格而沦为毫无悬念、毫无发挥、毫无特色的庸作。《无间道2》固然也要照例讲述观众意料之中的韩琛、黄志诚、刘健明、陈永仁四个主角的前传故事，然而在交代他们之前如何发迹、卧底和性格转变以便与首集进行衔接时，填充的人物情节内容却有相当可观的发挥。影片以韩琛的女人密谋杀死黑帮龙头倪坤拉开序幕，立时引起一场黑帮警匪斗智的好戏，并从此高潮不断。

该部影片与《无间道》主要集中在警匪斗智、双方卧底交锋上相较，《无间道2》的野心明显要大得多：虽然仍是警匪斗智，但警方几乎一直处于下风，反倒是黑帮内的争斗被施以浓墨重彩，最有看头。因此《无间道2》其实更像一部黑帮片，不是刘伟强以前拍的那种青头“古惑仔”类型，《无间道2》儘管长达两小时，却同样被编排得情节密集热闹非凡，刘伟强的摄影、彭氏兄弟的剪接，再加上扣人心弦的配乐更有利于渲染影片的紧张节奏和跳跃的叙事风格。——只可惜这些仅是表面功夫，并未能就此让观众始终紧张起来，《无间道2》的情节虽密集，却因人物众多导致戏份平均，显得纷繁杂乱。比如开场近20分钟内主要人物如走马灯般悉数登场，把观众看了个眼花缭乱，节奏虽快，却乱得可以，一时很难令观众入戏。

不同于《无间道》的格局及野心显而易见。但如此平均着墨，自然令《无间道2》无法象首集那样情节紧张集中，人物塑造的空间也极有限。幸好编导麦兆辉、刘伟强仍努力对每个角色进行颇有意味的刻画：倪永孝外表斯文心机恶毒深沉，却极重家庭亲情；韩琛本来忠心耿耿，遭遇妻亡及自己被追杀的变故后，终于变得老谋阴狠；黄志诚明知倪坤即将被杀，却知情不报，而与琛妻的暧昧关係点到即止，反倒意味深长；刘健明迷恋琛妻Mary，在得不到芳心后，竟狠心告密令伊惨死，如此刻画人物固然显得複杂，但对刘健明作为黑帮卧底的心理煎熬却完全忽略，不能不说是败笔；至于陈永仁，虽被编排成黑帮大佬之子，但“想做个好人”的性格轨迹与首集一脉相承，最终亲睹倪永孝被击毙儘管流露出人性亲情一面，却仍然是群像塑造中最简单明了的一个。
至于《无间道2》中最引人瞩目的众多实力派演员大斗演技，此次也确实各有精彩：黄秋生、曾志伟的角色性格较之上部虽大有变化，但两位老戏骨演来仍是得心应手，令黄志诚、韩琛的形象更加鲜明立体；吴镇宇扮演的倪永孝是全片最大亮点，成为招牌的形体表情及眼神被不动声色的内敛演技代之，更见演员功力；胡军、刘嘉玲所饰角色对黄志诚、韩琛各自性格的转变起了关键性作用，戏份虽然不多，但两人的精湛到位的表演已令观众难忘；说到陈冠希与余文乐两位青春偶像派，演技稚嫩自不必提，但余文乐就学足梁朝伟(尤其是拜墓一场)，陈冠希却始终是陈冠希；配角方面，最值一提的是廖启智的三叔和张耀扬的警方卧底，从头至尾只有几句对白，但仅靠表情动作却已令观众无法忽视他们的存在，如此抢戏当然厉害。相比之下，反倒是杜汶泽的傻强中规中矩，他诠释的这类角色观众未免太熟悉了。
最后说一句，可能很多朋友会对《无间道2》表示失望，以为与《无间道》相差太远。不过，大家若是尝试将这部与首集整体架构并不相同的《无间道2》作为一部独立成章的电影来看，另外再多想想该片从剧本筹划到拍摄上映仅用数月的仓促时间，或许对《无间道2》便会有另一番评价了。 （网易娱乐评）