发酵工程研究发展部是创立研究院的重要部门之一，主要从事传统和现代发酵工程技术及产品的研究开发，涉及优良工业微生物菌种选育、发酵代谢调控与工艺设计、新型酶製剂开发与套用、发酵产物后提取等，为我国发酵有机酸、酶製剂、澱粉糖、活性乾酵母、调味品等产业的发展作出过重大贡献，曾主持完成我国第一个星火计画项目，发酵法衣康酸生产技术输出美国ADM公司。