宜兰中学毕业后，林清介考上台湾师範大学艺术系绘画班。1967年，担任剧情电影《爱你入骨》的编剧。1971年，担任动作电影《铁沙掌决斗空手道》的编剧。1975年，担任剧情电影《海誓山盟》的编剧。

1976年，创作电影剧本《汪洋中的一条船》，该剧本获得台湾“新闻局电影事业基金会”第一届甄选剧本首奖；同年，担任剧情电影《火星人》的编剧；此外，还担任了科幻电影《关公大战外星人》的编剧。

1977年，创作电影剧本《吹向本地的强风》，该剧本获得第2届优良剧本甄选佳作奖。1979年，执导个人首部电影《一个问题学生》，该片改编自吴祥辉的小说《断指少年》。1980年，担任剧情电影《抚远街大惨案》的编剧；同年，担任剧情电影《夜夜磨刀的女人》的编剧。

1981年，与李连琳合组龙介电影公司，并自编自导了剧情电影《学生之爱》；同年，由其执导的剧情电影《同班同学》上映，他凭藉该片入围第18届金马奖最佳导演奖，该片入围第18届金马奖最佳影片奖。1983年，由其执导的剧情电影《台上台下》上映；同年，执导剧情电影《待罪的女孩》；此外，还执导了剧情电影《安安》。

1984年，担任剧情电影《金大班的最后一夜》的编剧，该片改编自白先勇的《台北人》；同年，与蔡继光合作执导剧情电影《北南西东》。1985年，执导由龙方主演的剧情电影《孤恋花》；同年，执导由李志奇、萧红梅搭档主演的剧情电影《校园档案》。

1987年，由其执导的剧情电影《金水婶》上映；同年，执导剧情电影《失蹤人口》。1988年，担任剧情电影《红叶小巨人》的编剧；同年，执导由廖峻、余天等联合主演的喜剧电影《英雄与狗熊》；此外，还执导了喜剧电影《哗鬼学校》，该片由李丽珍、李泰瑞联合主演。1989年，由其执导的剧情电影《青春派对》上映；同年，执导由凡伟、梁燕民共同主演的剧情电影《天下第一班》。

2001年，执导由苏有朋、吴奇隆合作主演的爱情电影《初恋的故事》，该片改编自萧矛的小说《初恋》。2016年，与傅睿邨联合执导剧情电影《奇幻同学会》。

2005年，参加第8届海峡两岸暨香港电影导演研讨会。

在林清介执导的校园学生电影里，成人的世界与孩子的世界有着明显的差异。如果说孩子的世界是多姿多彩的话，那成人世界则呈现出相对灰色调子，不管是家长、老师还是社会角色，都对孩子的成长有着身体或心灵的危害和压制，甚至放逐，他们集体呈现出一种失范的状态。而且他的电影经常有这样一个仪式化桥段一一自我介绍。在这些校园学生电影中，由于台湾独特旳教育文化，又让这些影片呈现出台湾特有的话语特徵，比如教官、训导两种角色的时常出没，比如联考指挥的教育制度等。儘管这些影片有着这样那样的时代局限、地域局限和个人局限，至少它们在社会变迁中及时地书写并探讨了青少年的生存境遇与心灵状态，既关注明天的主人（青少年，也关照今天的主人（成人）），并且让这种关注蔚然成风（中国电影艺术研究中心评）。