博白县凤山中学创办于1944年，初名为博白县立凤山初级中学，由博白县凤山区属各乡的各姓蒸偿拨租三百石（谷）作为建校基金实施建校。校址设在博白县凤山街东圩头，招收国中学生。首任校长朱为济。

1951年土匪攻占校园，校址被迫迁至陆川车田，与车田中学合併，沿用博白县立凤山初级中学校名，黄家英任校长。

1951年7月，博白县立凤山初级中学校舍修复，学校迁回凤山，校名更为凤山初级中学。

1951年7月，新校址（一直至今）选在凤山街东路的小山丘（现博文路旁，凤山镇政府向东200米），占地面积120亩。后来学校先后更名为博白凤山初级中学、博白县第一初级中学、凤山初级中学、凤山中学、博白县凤山高级中学。

2003年经自治区教育厅评估批准为自治区普通高中二级学校。

2002年以来，学校先后被评为自治区贯彻体育卫生两个《条例》优秀学校、博白县文明单位、博白县文明庭院、博白县德育先进集体等。