第三个舰队于第二次世界大战期间的1943年3月15日，由绰号“公牛”的美国海军上将小威廉·弗雷德里克·哈尔西宣布成立。其岸上总部于1944年6月15日在夏威夷珍珠港成立。舰队管辖区域包括索罗门群岛、菲律宾群岛、台湾岛、沖绳及琉球群岛。最初舰队旗舰为USS 新泽西(BB-62)号战列舰，1945年5月后直至二战结束，改为USS 密苏里(BB-63)号战列舰作为旗舰。第三舰队在二战期间参与了对东京，吴港和北海道的水面攻击行动，炮击了部分日本海岸城市。第三个舰队的舰只也形成为了第五个舰队的基础，在雷蒙德·斯普鲁恩斯海军上将的指挥下被称为“蓝色大舰队”。斯普鲁恩斯和哈尔西经常交替管理舰队的主要工作，并给予对方及其工作人员时间去準备后续工作。除此之外另一个好处就是可以迷惑日本人，因为舰队称呼不停的更替让其以为实际上有两个舰队存在。1945年8月29日，哈尔西上将搭乘旗舰密苏里号，率领他的舰队开入东京湾。1945年9月2日日本代表在“密苏里”号的甲板上籤署了无条件投降书，第二次世界大战结束。第三舰队一直停留在日本直至9月末，其后被调回美国西海岸。1945年10月7日，第三舰队退役，被改编入预备舰队。

1973年2月1日，美国为了加强对太平洋地区的控制，对太平洋舰队进行了重组。第三舰队随之重新服役，承担了前第一舰队以及驻扎在夏威夷福特岛的反潜作战力量的任务。这之后，第三舰队针对海外作战能力展开训练，并对海军最新技术进行评估。此外第三舰队还具备了在海外主要冲突中展开作战的能力。

1986年11月26日，第三舰队将军旗从岸上司令部转移到美国海军奥斯汀级两栖船坞运输舰“科罗纳多”号（USS Coronado）上。是为二战后首次将指挥系统从岸上转到舰艇上。1991年8月，第三舰队指挥官、随从人员以及“科罗纳多”号转移到位于加利福尼亚州圣地亚哥的新母港。2003年9月，司令部从“科罗纳多”号转到现在司令部所在地圣地亚哥洛玛角海军基地。

美国海军里根号航空母舰（USS Ronald Reagan）和其他第三舰队舰艇参加了为了共同纪念加拿大皇家海军成立，在加拿大英属哥伦比亚省维多利亚举行的海上阅兵式。与里根号共同前往参加的有提康德罗加级巡洋舰“长津”号，阿利·伯克级驱逐舰“桑普森”号以及佩里级护卫舰“福特”号。海上阅兵式于2010年6月9日至12日期间举行。分别来自加拿大、美国、法国、日本、澳大利亚、纽西兰的共21艘海军舰艇、8000多名官兵参加了阅兵式。

如今的第三个舰队被赋予了众多的使命和责任。其中第三个舰队的主要任务之一个制止冲突，但在常规战争中，第三舰队可以在海上迅速持久地施展作战行动，执行太平洋舰队的战区策略。第三舰队将会迅速良好地执行这些行动以完成其在战时的基本任务—保护美国西部海域，包括阿拉斯加和阿留申群岛。 而担负主要任务的则是由第三舰队的四艘尼米兹级航空母舰：

尼米兹号（USS Nimitz(CVN-68)）

卡尔·文森号（USS CarlVinson(CVN-70)）

斯坦尼斯号 （USS John C.Stennis(CVN-74)）

里根号 （USS Ronald Reagan(CVN-76)）（现已替代华盛顿号编入美国第七舰队）

另外，第三个舰队还被任命为联合特遣部队(JTF)指挥。这意味着舰队司令和他的部下将有可能受命指挥美国联合特遣部队进行作战部署以应对突发意外事件。因此，舰队司令直接受命于联合司令，而联合司令则由美国太平洋战区司令部担任。

在和平时期，第三个舰队担任训练海军及海军陆战队的任务，帮助维持增强他们的远程打击能力。 秉持着美国海军部的战略思想“由海出击”（Foward...From the sea），这些部队具有随时应对从人道主义任务、维和任务到参与主要地区冲突过程中可能发生的任何紧急危机的必要机动性和快速反应能力。

他们已经準备好在和平时期到地区局势持续紧张之间的过渡中，成为重要的第一反应力量。如有需要，第三舰队将在伴随冲突发生的事件中，以其力量和能力建立和维持初期战线，以便联合作战部队之后大量投入作战。最终冲突结束之后，这些海军远征部队将会在当地停留，帮助维持和平局面。第三舰队的训练项目被设计以确保作战部队有足够的準备参与联合行动，所有的训练都在联合行动环境中进行，以求在可能的军事冲突中能够良好德与其他军事单位协同作战。

美国海军第三舰队组成单位包括：

第1航母战斗群

第3航母战斗群

第9航母战斗群

第11航母战斗群

第3远征分队

中太平洋水面大队

第1濒海战斗舰中队

海上攻击直升机联队

太平洋作战部队训练

第1爆炸军械处理大队

第1沿海江河作战大队

海军航空与飞弹防御司令部

水雷及反潜作战指挥部

第3潜艇及展区反潜作战舰队