罗湖站分为三个主要大堂，包括在岛式月台中部北侧的离港大堂（G）、抵港大堂（L1）以及票务大堂（L2）；为了方便人流管制，本站实行单向人流管制措施。车站内设有铁路免税店，供过境旅客购买烟、酒等课税品。

另外，罗湖站三个主要大堂共设有三个洗手间，其中票务大堂在付费区和非付费区均设有洗手间。

罗湖站离港大堂和票务大堂均设有车站商店，例如便利商店、麵包糕饼店、糖果店、餐厅、外币兑换店以及旅客服务中心等。另外，罗湖站还设有自动柜员机和自动售卖机等自助服务。2017年12月起，车站大堂的其中一台自动售票机开始提供支付宝（包括内地版和支付宝HK）和微信支付购票服务。

步骤：月台 → 离港大堂（均位于G层）

当列车到达罗湖站，离港乘客须从岛式月台处下车并前往月台北端的离港大堂，惟乘客只能单向前进不能折返月台。乘客出闸后须经过香港海关，办妥出境手续后，将会经由一条横跨深圳河的行人天桥步行至深圳市的罗湖口岸联检大楼，完成中国海关（需要用回乡卡自助检查）及边防检查程式后，可离开大楼转驳市区公车及深圳捷运1号线、发往广东省内的客运班车等交通工具，或者徒步前往深圳站乘坐广深城际动车组前往东莞及广州，以及乘坐从深圳站始发的普速列车前往全国各地。

出境行人天桥附近设有免税店，供过境旅客购买烟、酒等免税品。

步骤：抵港大堂（L2/L1（访港旅客））→ 票务大堂（L2）→ 月台（G）

反之，回港乘客则须经香港入境事务处及香港海关检查才能前往票务大堂。从大陆回港的旅客，经天桥抵达罗湖站后会先到达抵港大堂，办好入境手续后，必须前往位处上层的罗湖站票务大堂，购票（没有八达通者）和入闸后再按照票务大堂付费区内的列车抵站时间信息，由上而下前往1号月台或者4号月台乘车。

本站现时设有两个侧式月台和一个岛式月台。抵站的列车会先开启2号/3号月台的车门落客，然后关门，再开启1号/4号月台的车门上客。这种设计被称作西班牙式月檯布局。

自从2004年第二次扩展工程完成后，人流组织採用完全单向方式，列车一到达罗湖站，所有乘客必须下车并前往离港大堂，车站有职员强制乘客下车，不可以返回往红磡等车站，必须出闸前往中国内地，故此当时一旦错误地前往罗湖，亦要先出闸过境，在深圳走回港通道，再入境香港才能再入闸乘坐回头车。在落马洲支线通车后，乘客如果于其他车站误乘往罗湖站的列车，可在本站直接乘坐反方向的列车，列车也有广播指可以坐回头车返回上水或落马洲。

同时，由于此月檯布局的缘故，入境侧车站大堂设有两条通道分别通往1、4号月台，月台通道前设定闸门以控制人流。一旦乘客错过该班列车，则需要等候多十段较长达8分钟时间。

各月台之间原设有行人隧道相连，但现已封闭。

罗湖站是东铁线的终点站，乘客可在此乘坐往红磡列车，往返九龙及新界等地。同时罗湖站可经过罗湖桥连线广深铁路深圳站，但目前仅有城际直通车来往该两站区间。

罗湖站为东铁线北面的终点站，连线中国广东省深圳市，亦是香港从陆路进入中国大陆的最重要及最繁忙关卡，平均每日有25万人次使用罗湖站。2005年使用罗湖站的乘客超过8600万人次。罗湖站目前为世界第二最繁忙的陆路过境口岸（于2011年被拱北口岸以9400万人次打破）。持有边境禁区通行证的人士或于罗湖学校就读的学生，亦可利用罗湖站前往罗湖村、沙岭或料壆村。这些人士如合资格，亦可申请“罗湖特价证”，享用以本地线收费结构计算的车费，而不需缴付较昂贵的跨境线收费。

由于来往本站或落马洲站的车资较来往其他车站相对地高出很多，例如，粉岭站来往上水站的成人八达通车资为港币$3.7，而上水站来往罗湖站或落马洲站的成人八达通车资为港币$24，同样只乘搭一个车站，但车费却昂贵逾6倍。本站的逃票问题非常严重，这些逃票人士包括部分经常往返粤港两地的平行进口货品携带者（俗称“水货客”）。2008年更有29名员工因上前截查，而遭逃票人士袭击受伤。2008年11月中， 一名站务员在该站入境大堂闸口发现有数名乘客企图沖闸逃票，站务员见状上前截查，却遭对方拉扯衣服、推撞，而与对方同行人士更加入战团，对站务员拳打脚踢，多名站务员一度上前阻止。虽然港铁已通知驻站警岗，但警员要在事发后三、四分钟才赶至，警方拘捕了两名疑犯。因此，为防止乘客逃票，港铁于2009年3月至4月期间，将本站所有新式活板闸机更换为传统的转棍闸机，而少数几部阔闸机亦有职员把守，以防止多名乘客只缴付一名乘客的车资却同时通过闸机。

车站出境闸机处，中间可望见车站出口

部分东铁线的港铁列车在本站清客后，便会暂停服务，返回何东楼车厂或前往罗湖编组站和上水屠房停泊。届时，有关列车广播会在进站前提醒所有乘客下车，列车抵站后只打开岛式月台那边的车门，不会打开侧式月台那边的车门。

虽然港铁并无公布每日上下车人次的资料，然而由于使用本站出入境来往深圳市的客量占了压倒性多数，以下列出由香港入境事务处统计的罗湖管制站全年过境旅客人次资料：

1998年8月31日，一条供应九广铁路罗湖站及上水泵房11,000伏特的地底电缆，于上水屠房地盘一项挖路工程中遭意外挖断，结果即时引致罗湖站月台电力（包括出入境大堂电力）中断，所有电脑无法处理出入境过关手续，令大批旅客被迫滞留于出入境大堂及月台上，情况至中午随着电力的全面恢复逐步得到改善。

中国深圳捷运1号线：罗湖站

从深圳望向车站

中国广深铁路：深圳站

1949年10月14日广州解放前，因为中英边境可以自由通过，九广铁路通车时并没有罗湖站，列车亦不会停靠。

因应广州市及东莞县于1949年10月14日被中国共产党控制，香港九广铁路局于同日宣布终止跨境服务，并于罗湖设定终点站。乘客需要于罗湖站下车，然后要步行过罗湖桥进入中国大陆。由于罗湖站的设施比较简陋，而不能处理日益增加的过境旅客，所以于1981年增设行人天桥，并于1987年扩展车站，增设一号月台。

后来九广铁路为了防止乘客由上水站至罗湖站之间游蕩，并于2004年完成罗湖站第二次扩展工程，把由抵港大堂至岛式月台之间的扶手电梯及楼梯拆除，并改建一号月台、扩建二、三号月台及增设四号月台。

九铁公司曾经研究安装月台闸门（两铁合併后由港铁公司继续研究），以减轻乘客坠轨的风险。但是部分车站月台弯度及空隙较大，乘客可能因为月台闸门关闭后被困于闸门与月台边缘之间的空间，以致有误堕缝隙而跌入路轨的可能性。因此，需要先安装月台伸缩踏板，于列车到达后，自动伸出以填补列车与月台间的空隙，以解决该问题，效果理想的话方能加设月台闸门。罗湖站成为月台伸缩板的试点，伸缩板的工程已经完成装设，分别于2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日试用，但是测试效果未如理想，列车抵达车站时，踏板需额外时间对认列车车门位置才可以开启，因此列车大可能因而延迟开启车门而影响乘客及班次。

装设于此车站2号月台并在试用中的月台伸缩踏板

2014年初，罗湖及落马洲站的过境客量近年持续上升，由2008年约9000万人次，增至2013年的逾1.1亿人次，增幅超过两成。港铁眼见罗湖站的铺租、广告收入等利润丰厚，正计画扩建站内现有的免税店外，更构思在车站加建四层高的免税店及仓库大楼，并会一併翻新车站大堂及月台等，拟打造罗湖站成为“免税城”，增加出售免税品的种类，料可吸引大批内地旅客到免税店购物，商铺租金收入亦会水涨船高。有关工程的顾问契约于2014年5月招标，设计连工程料需时四年。