根据已知资料，国旗歌至晚在1948年就已经成为中国境内升降旗演奏乐曲。而台湾的电影《八百壮士》里就有吹奏国旗歌的场面，此时为1937年。

据《明报月刊》记载，1930年开始，国民政府一方面以党歌代国歌，另一方面责成政府教育部徵集国歌。教育部多次徵集，均未有满意者。1936年再度徵集，共有1700人应徵，稿件3000多件，其中包括了黄自的歌谱。国民政府虽不满意该歌曲作为国歌，但又不忍捨弃，故以戴传贤填词，定为国旗歌，升降旗时候演唱。1937年国民党中常会正式定党歌为国歌，但在升降旗时，却奏国旗歌。一方面国民政府不能放弃孙中山遗训，另一方面又欣赏黄自的歌谱，是故为两难之下，採取此办法。

由于政治因素，台澎金马地区使用的“《中华民国国旗歌》”作为国际场合替代方案始于1984年冬季奥林匹克运动会，作为《中华奥林匹克委员会会歌》的旋律。

1971年后，越来越多的国家及国际组织承认中华人民共和国为中国的唯一合法政府，“《中华民国国歌》”在大量国际场合无法演奏，国旗歌成为被国际奥委会等国际组织接受的替代方案。

戴传贤词、黄自曲

对于中华民国国旗歌的词作者存在部分争议。早年出版国旗歌乐谱时，曾标注词作者佚名，戴传贤曾于1928年作同名《国旗歌》，但内容与今并不相同，后多将戴传贤标注为国旗歌词作者。梁得所曾于1929年作与现今歌词相近的《青天白日满地红》，亦有可能为中华民国国旗歌歌词作者，或在其基础上改词而成。

戴传贤词 、杜庭修曲

中国国民志气洪，戴月披星去务农；

犁尽世间不平地，协作共享稻粱丰；

地权平等，革命成功！人群进化，世界大同；

青天白日满地红。

梁得所词、Thomas A. Becket曲

江海滔滔，山岳高崇，中华自古为世之雄；

愿毋自弃，誓不自封，光我民族，促进大同，

创业维艰，先烈建民国，守成不易，后死责任重；

同心同德，同一标帜：青天白日满地红！

由于在中国台湾地区通常升旗时仅播放旋律，而未要求唱出，故一般民众大多对歌词不熟悉；曾有民调显示，能完整唱出歌词的民众仅7.6%。

因为现在台澎金马使用的“民国国歌”《三民主义歌》曾是中国国民党的党歌，而且民国国旗歌的歌词较中性，故在台湾，曾有建议以“国旗歌”取代现今“国歌”，目前尚无具体讨论。