中心主要定位是：针对我国防控和诊治重大疾病及常见多发病的实际需求，面向医学物理技术前沿，以精确放疗、质谱检测、核磁成像、电浆医疗、雷射医疗、运动健康等先进医学物理技术研究为先导，探索医学物理新方法和新技术的诊疗机理，发展相关新型医疗技术，运用新技术提高临床诊疗技术水平，培养专业人才。

中心下设研究部和临床部。

研究部设有“医用雷射技术研究室、医用光谱质谱研究室、辐射生物医学研究室、医学影像研究室、分子病理研究室、生物电子技术研究室”等6个直属研究室；和“高场磁共振成像联合研究室、电浆医疗联合研究室、精确放疗联合研究室、健康信息技术联合研究室、新型药物与医用材料研究室”等5个联合研究室。

临床部设有：中国科学院合肥物质科学研究院肿瘤医院和合肥市蜀山区井岗镇产业园社区卫生服务中心2个临床试验平台。

中心现有人员总计220余人，包含专业研究人员40人和医疗技术人员180人，其中有“百人计画”研究员、副研究员、博士、硕士等固定科研团队。承担的研究项目主要包括“973”计画、“863”计画、国家自然科学基金、中科院知识创新工程、中科院“百人计画”等，并取得了一系列具有国际水平的科研成绩，具备了一定的影响力和知名度。

中心目标：成为我国先进医疗技术研发和套用及转化医学人才培养的一个中心。

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