1927年4月17日，中国国民党中央政治会议第七十四次会议在首都南京举行，李石曾提出设立中央研究院案，决议推李石曾（煜瀛）、蔡元培（孑民）、张人杰（静江）共同起草中研院组织法。同年5月9日，中央政治会议第九十次会议议决设立中研院筹备处，并推定蔡元培、李煜瀛、张人杰、褚民谊、许崇清、金湘帆为筹备委员。7月4日，《中华民国大学院组织条例》公布，改列筹设中的中央研究院为中华民国大学院的附属机关之一。10月大学院成立。11月9日，《中央研究院组织法》公布，明定“中央研究院直隶于中华民国国民政府，为中华民国最高学术研究机关”，设立：物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。11月20日，大学院院长蔡元培聘请学术界人士王季同、张乃燕、杨杏佛等30人在南京的大学院召开中研院筹备会及各专门委员会联合成立大会，讨论中研院组织大纲及筹备会进行方法。议决先筹设各研究单位，计有：理化实业研究所、地质调查所、社会科学研究所、观象台四个研究机构，并推定各所常务筹备委员，积极展开筹备工作，并通过《中华民国大学院中央研究院组织条例》。

1928年4月10日，颁布《修正国立中央研究院组织条例》，规定国立中央研究院“为中华民国最高科学研究机关”。宗旨为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业，以谋科学之进步，人类之光明”。研究範围包括数学、天文学与气象学、物理学、化学、地质与地理学、生物科学、人类学与考古学、社会科学、工程学、农林学、医学等11组科学。条例还对组织、基金、名誉会员等作了规定。中研院改为不属于大学院的独立机关。4月20日，国民政府委员会第五十六次会议任命蔡元培为院长。4月23日，特任蔡元培为院长。5月，启用印信。

1928年6月9日，中央研究院第一次院务会议在上海东亚酒楼召开，蔡元培主持宣告该机构正式成立。创办中央研究院的主要成员是中国科学社社员，中央研究院成立后接收了中国科学社在国际上作为中国科学界官方代表的地位。

11月，国民政府公布《国立中央研究院组织法》11条。规定:中央研究院直隶国民政府，为全国最高学术研究机关。主要职责为实行科学研究，指导、联络、奖励学术研究。

在首任院长蔡元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所，系由理化实业、社会科学、历史语言三研究所，以及地质调查所、观象台与自然历史博物馆演展而来。抗战期间中央研究院曾西迁昆明、桂林、四川李庄等地，抗战胜利后方复还京、沪。1948年3月26日中央研究院院士选出，共81人。9月23日第一次院士会议举行，中研院之体制始告完成。

理化实业研究所于1927年11月筹设，下有物理组、化学组、工程组。1928年7月分立为物理研究所、化学研究所、工程研究所，均在上海。

蔡元培任院长的委任状

地质调查所于1927年11月筹设，1928年7月成立地质研究所，在上海。

社会科学研究所于1927年11月筹设，1928年5月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。1934年7月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所併入该所，1945年改称社会研究所。

观象台于1927年11月更名，下有天文组、气象组。1928年2月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。

语言历史研究所于1927年夏设于广州中山大学，1928年3月在中山大学筹设历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。体质人类学研究所于1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。

自然历史博物馆于1929年1月筹备，1930年1月成立于南京。1934年7月更名为“动植物研究所”。1944年5月分立动物研究所、植物研究所。

心理研究所于1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月正式成立，在北平。

数学研究所于1941年筹备，1947年正式成立，在上海。

医学研究所于1944年筹备。

近代物理（即原子能）研究所于1945年秋筹设，嗣因仓促迁台，未能完成。

1949年，“国府”迁台。12月，历史语言研究所的全部以及数学研究所的部分共二千多箱重要图书、文物、仪器、设备运往台湾，迁至台北的国立台湾大学，暂存在桃园县杨梅镇火车站仓库；其余研究所皆留置于中国大陆，并发展为后来中国科学院之主体（中国科学院早期的外文译名亦一直沿用Academia Sinica，现多採用英语Chinese Academy of Sciences，但仍有部分研究所沿用拉丁文译法）。由于多数院士及第一次院士会议所选出之第三届评议员32人亦都留在大陆或留置国外，在台者仅有吴大猷、朱家骅、凌鸿勛、李先闻、吴敬恆、胡适、傅斯年、李济、董作宾、王世杰、王宠惠等人，不足法定人数，两会无法召集并行使职权，“中研院”陷入半停顿状态。

1954年，经朱家骅多方奔走，在台北市南港区现址建设院区。植物研究所在台“复所”。

1955年，成立近代史研究所及民族研究所筹备处。

1957年，多方讨论出“以报到登记人数为实有全体人数”之办法并呈奉台湾当局领导人令準，于4月2日在台举行第二次院士会议，4月3日举行第三届评议会首次会议。同年12月，胡适继朱家骅之后担任院长，次年正式就职。化学研究所在台“复所”。

1958年，举行第三次院士会议。

1959年，举行第四次院士会议。同年动物研究所在台“复所”。

1962年，举行第五次院士会议，王世杰担任院长。成立“经济研究所”筹备处，“物理研究所”在台“复所”。

1970年，钱思亮继王世杰之后担任院长。成立生物化学研究所。

1974年，举行第十一次院士会议。成立美国文化研究所。

1975年，三民主义研究所成立。

1976年，成立地球研究所筹备处，次年成立资讯研究所筹备处。

1978年，举行第十三次院士会议。

1980年，举行第一次国际汉学会议。

1981年，成立生物医学科学研究所、“原子与分子科学研究所”筹备处。

1983年，吴大猷接任院长。

1986年，举行第二次国际汉学会议。

1989年，成立中国文哲研究所筹备处。

1991年，ICSU在台首次学术研讨会。成立欧美研究所。

1993年，成立天文研究所、台湾史研究所筹备处。

1994年，旅美科学家李远哲赴台接任院长。

1995年，成立社会学研究所筹备处。

1997年，成立语言学研究所筹备处。

1998年，成立生物农业研究所筹备处。

2002年，成立政治学研究所筹备处。

2004年，成立“社会学研究所、 法律学研究所筹备处。

2005年，“动物研究所、植物研究所更名为细胞与个体生物学研究所、植物暨微生物学研究所。

2006年10月，翁启惠接任院长。

2008年，举行第二十八次院士会议。

2010年，举行第二十九次院士会议。

2012年，举行第三十次院士会议。

“院长”：廖俊智

“副院长”：周美吟、刘扶东、黄进兴

总办事处处长：叶义雄

授权法源：“中央研究院组织法”

经费来源：台湾地区“行政院”、财团法人

人员总数：2698人

内部单位：总办事处（4组、4室、2中心）、学术谘询总会、32委员会

附属机关：24研究所、7研究中心

研究範围：数理科学、生命科学、人文社会科学

机构设定：（01）数学研究所；（02）物理研究所；（03）化学研究所；（04）地球科学研究所；（05）资讯科学研究所；（06）统计科学研究所；（07）原子与分子科学研究所；（08）天文及天文物理研究所筹备处；（09）植物研究所；（10）动物研究所；（11）生物化学研究所；（12）分子生物研究所；（13）生物医学科学研究所；（14）历史语言研究所；（15）民族学研究所；（16）近代史研究所；（17）经济研究所；（18）欧美研究所；（19）人文社会科学研究中心；（20）中国文哲研究所；（21）台湾史研究所；（22）社会学研究所；（23）法律学研究所。

院长

院士会议

评议会

处长

副处长

秘书组

学术事务组

总务组

公共事务组

计算中心

仪器服务中心

会计室

人事室

政风室

国际事务办公室

因应业务需要，中研院在院务会议之下设立各种委员会：

资讯安全委员会

人文社会科学馆公共事务委员会

行政电脑化推动委员会

人权委员会

医学研究伦理委员会

中央研究院科学教育推动委员会

中央研究院与国立清华大学合作协定

国际科学理事会中华民国委员会

中央研究院动物实验管理小组

生物实验安全委员会

该院出版委员会

学术交流及合作委员会

汉籍电子文献协调委员会

资讯业务咨议委员会

该院与公私立大学及研究机构订定学术合作办法审查委员会

资讯科学研究所大门

该院克隆植物实验室管理委员会

数位典藏咨议委员会

该院台湾地震数位知识库建置咨议委员会

院区环境美化推动委员会

院区交通管理委员会

宿舍管理委员会

岭南美术馆管理委员会

学术活动中心管理委员会

综合体育馆管理委员会

辐射防护管理委员会

中央研究院在台五十年专书编纂委员会

艺文活动推动委员会

周报编辑委员会

研究发展成果管理委员会

太平洋邻里协会

国际研究生院推动委员会

温室管理委员会

依新版“中研院组织法”在2001年10月公布实施，其中的院长遴选办法规定，院长任期届满时，由院评议会就院士中选举院长候选人三人，呈请台湾当局领导人遴选并任命。院长任期五年，连选得连任一次。

蔡元培：1928年4月 - 1940年3月

首任院长蔡元培

朱家骅：1940年9月 - 1949年10月

（部分搬迁台湾地区后“复建”）

朱家骅：1949年10月 - 1957年10月（台，总干事代理院长）

胡适：1957年12月 - 1962年2月（台）

王世杰：1962年5月 - 1970年4月（台）

钱思亮：1970年5月 - 1983年9月（台）

吴大猷：1983年10月 - 1994年1月（台）

李远哲：1994年1月 - 2006年10月（台）

翁启惠：2006年10月 - 2016年3月29日（台）

廖俊智：2016年6月3日 - 现任（台）

中央研究院院士仅为荣誉，平常并无任何职务或实质酬劳，而两年一次的院士会议，则为院士唯一需要出席的活动。虽然院士并不担任中研院任何职务，但许多院士是在中央研究院担任研究员时当选，或是当选后兼任研究员或通信研究员。所以院士同时担任研究员的比率相当高。

中央研究院院士系由院士会议选举选出，每二年选出一次，共分为数理科学、生命科学与人文及社会科学三组，每次新任院士名额至多30位，每组至多十位。院士候选人可以由各大学院校、学会、研究机关、中研院院士或评议员提名，之后经过评议会以通信方式无记名投票进入“初步名单”。之后评议会会再于会中投票，决定正式的院士候选人，并于院士会议中投票选举。

中央研究院从1948年开始选举中央研究院院士，第一届选举后，受到国共内战的影响，中央研究院少部分院士至台湾，1958年选出第二任院士。第一任院士中，部分随国民政府迁至台湾。

每两年由院士会议从台湾学术界成绩卓着人士中新选一批。中央研究院院士为终身名誉职，分为数理科学、生命科学及 人文社会科学三组。职权如下：选举院士及名誉院士；选举评议员；筹议台湾地区学术研究方针；受台湾当局及有关单位之委託，办理学术设计、调查、审查及研究事项。

中研院现有院士计240人，其中数理科学组100人、生命科学组75人、人文及社会科学组56人。

数学研究所、物理研究所、化学研究所、地球科学研究所、资讯科学研究所、统计科学研究所、原子与分子科学研究所、天文及天文物理研究所筹备处、套用科学研究中心、环境变迁研究中心、资讯科技创新研究中心

植物暨微生物学研究所、细胞与个体生物学研究所、生物化学研究所、分子生物研究所、生物医学科学研究所、生物农业科技研究中心、基因体研究中心、生物多样性研究中心

历史语言研究所、民族学研究所、近代史研究所、经济研究所、欧美研究所、中国文哲研究所、台湾史研究所、社会学研究所、语言学研究所、政治学研究所筹备处、法律学研究所筹备处、人文社会科学研究中心

1977年9月，附近山洪暴发，“中研院”各馆大约有一半进水，其中包括历史语言研究所考古馆，傅斯年图书馆、胡适纪念馆、近代史研究所等，但损失不大。

1984年，六三水灾造成四分溪（当时尚未命名）暴涨，导致“中研院”院区严重淹水。台北市政府因而拟以“截弯取直”方式，整治四分溪。

2001年9月17日，纳莉颱风所挟带豪雨再次造成四分溪暴涨，“中研院”邻近四分溪之七个研究所地下楼层，首当其冲，直接遭受大水侵袭，粗估此次水患硬体受损新台币二亿元左右，多年来的研究成果损失无法估计。其损失项目，如地球科学研究所、生物化学研究所的昂贵仪器与稀有样本，以及欧美研究所图书馆的部分藏书等。

通讯地址：中国台湾省台北市南港区研究院路二段128号