中国农业科学院棉花研究所于1957年8月在原华北农业科学研究所棉作室基础上在北京成立。

1958年3月，迁到河南安阳县白壁镇。

获奖专利证书

2005年8月，迁到河南安阳市开发区。

2007年12月，由中棉所牵头，集中优势力量，与美国农业部南方平原研究中心、华大基因合作，启动“棉花基因组计画”，在国际上首次开展棉花全基因组测序。

2012年8月，中棉所在国际上率先完成二倍体棉花—雷蒙德氏棉全基因组遗传图谱（草图）的绘製。

2014年4月，亚洲棉全基因组测序组装全部完成。

2018年7月7日，中国农业科学院棉花所与郑州大学合作共建农学院。

据2018年8月研究所官网显示，研究所有在职职工430人，其中科技人员222人，研究员27人，副研究员60人；中国工程院院士1人，国家级有突出贡献的中青年专家2人，享受政府特殊津贴专家5人，省部级专家11人，国家级“百千万人才工程”人选3人。

中国工程院院士：喻树迅

享受政府特殊津贴专家：喻树迅、毛树春、李付广、王坤波、邢朝柱

国家级有突出贡献的中青年专家：喻树迅、范术丽

“百千万人才工程”国家级人选：喻树迅、李付广、邢朝柱、范术丽

中原学者：喻树迅、李付广

农业部有突出贡献的中青年专家：喻树迅、毛树春、杨付新、范术丽、李付广

省级专家：杨代刚、刘金海、宋美珍、王坤波、邢朝柱、郭立平

中国农科院杰出人才（一级岗位）：喻树迅

中国农科院杰出人才（二级岗位）：毛树春、李付广

中国农科院杰出人才（三级岗位）：杜雄明、邢朝柱、范术丽、杨代刚、袁有禄、崔金杰、刘全义、王红梅、赵新华

据2018年8月研究所官网显示，中国农业科学院棉花研究所建有国家重点实验室1个，省部级重点实验室2个，此外建有农业部棉花品质监督检验测试中心、农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心、国家棉花改良中心、国家转基因棉花中试基地，使研究所成为国家棉花科技原始创新中心，为组织全国棉花科技创新工作搭建了技术平台。

中国农业科学院棉花研究所

国家重点实验室：棉花生物学国家重点实验室

国家级科研平台：国家棉花种质资源圃、国家棉花种质中期库、国家棉花改良中心

农业部级科研平台：农业部棉花品质监督检验测试中心、农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心（安阳）、农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室

河南省级重点实验室：河南省棉花生物学重点实验室

据2018年8月研究所官网显示，国家棉花种质圃依託于中国农科院棉花所（海南野生棉种植园），种植园占地80余亩，试验地50余亩，拥有野生棉、近缘植物、半野生棉、种间杂种、工具材料、自然突变和人工诱变材料等7个专业种质圃，共占地近10亩，常年宿生保存的材料500份左右。

截至2010年12月，国家棉花种质中期库共保存来自世界53个产棉国棉花种质资源8868份，其中陆地棉7362份、陆地棉野生种系350份、海岛棉633份、亚洲棉433份、草棉18份、野生种32份，保存数量居世界第4位。

截至2017年2月，在国际合作方面，该所已先后与中国之外的15个实验室建立长期合作关係，每年约有40人次进行互访和学术交流；该所与澳大利亚联邦科学院开展RNAi等合作研究；与西澳大学闫桂军实验室开展棉属分类与进化研究的合作；与荷兰瓦赫宁根大学开展棉花高效栽培与病虫害防治研究；与印度棉花协会开展品种交换；与越南、巴基斯坦开展杂交棉利用、人员培训合作；从巴西引进资源，合作开展线虫研究；与塔吉克斯坦农业大学签署战略合作协定；与巴基斯坦信德农业大学签署农业科技研究的合作备忘录；与美国德州理工大学签订了战略合作协定；在吉尔吉斯斯坦组建了中亚综合试验站；从非洲各国引进种子资源，与隆戈大学签署合作备忘录。

截至2017年2月，在国际学术交流方面，该所举办（承办）重要国际会议2次。其中：国际棉花基因组大会（2008年7月）有来自中国、美国、印度、澳大利亚、法国、巴西、巴基斯坦等12个国家260余名棉花科学家或会议代表；第十二届全国植物基因组学大会（2011年9月）有这箇中国国内外500多名知名专家和学者；另外，还举办了第四届亚洲棉花研究与发展大会（2008年9月，150人）等重要学术会议。此外，加大与中国以外的专家学术交流，每年邀请10余名来自美国、加拿大、澳大利亚、巴西、巴基斯坦等国的专家来该所交流合作，每年委派20余名科研工作者赴中国以外在棉花种质资源、作物遗传育种、生物技术、作物栽培与生理生态及病虫害防控等领域开展学术交流或合作研究。

据2018年8月研究所官网显示，该所1988年被中共河南省委、河南省人民政府命名为文明单位，并先后多次获得中国农业科学院院级文明单位和文明单位标兵荣誉称号。

截至2016年，中国农业科学院棉花研究所主持或参加研究项目（专题）近300项，获省部级以上成果奖励66项，其中国家级奖22项，一等奖4项：抗病高产优质棉花新品种中棉所12获得国家技术发明一等奖，全国棉花品种区域试验、适合麦棉两熟夏套棉花新品种中棉所16和高产优质多抗棉花新品种中棉所19分别获得国家科技进步一等奖。先后获得奖项122项，其中国家级22项，省部级52项，中国农科院32项，行业奖11项，地市级5项；育成品种102个，其中棉花品种89个，小麦品种13个；获得专利104项，其中发明专利76项，实用新型专利28项。

新品种中棉12

《棉花学报》是中国国家级棉花学术类期刊；主要栏目有研究与进展、专题与述评、学术论坛、研究简报、学术动态等；该刊为农学农作物类核心期刊，被资料库AGRICOLA、AGRIS、CABI等收录，也被中国科技期刊引文资料库、中国学术期刊（光碟版）全文资料库等收录；2006年获得第五届全国农业期刊金犁奖学术类一等奖。

棉花学报

《中国棉花》（月刊）是国家级技术类棉花专业期刊；主要栏目有政策与述评、研究报告、区域试验与新品种、实用技术、市场与产业化、棉区了望、环球棉讯等；《中国棉花》获2006年度技术类二等奖。

截至2013年12月，中国农业科学院棉花研究所拥有5个二级学科博士学位授权点；5个一级学科硕士学位授权点，6个二级学科硕士学位授权点，3个专业学位授权点。

截至2013年12月，中国农业科学院棉花研究所有硕士生导师45人、博士生导师9人。2007年研究所在中国农科院研究生院的牵头下，建立了博士后流动站。

研究所从1983年招收第一批硕士研究生，截至到2013年共招收在籍硕士研究生274名；1999年开始博士研究生招生，截至2013年共招收在籍博士64名，还接收了17名中国以外的留学生来所攻读博士、硕士学位。除此之外每年还从华中农业大学、南京农业大学、西北农林大学和河南大学等多所高校招收客座研究生。研究所与华中农业大学、南京农业大学、河北农业大学、新疆农业大学等教学单位达成联合培养研究生的协定。同时研究所与美国新墨西哥州州立大学、阿肯色大学等签订了联合培养协定，并聘请外籍教授为该所的客座教授。2007年开始招收农业推广专业硕士。

2015年9月6日，研究所杨作仁博士学位论文“棉花T-DNA激活标籤突变体pag1分子机制的研究与套用”被评为2014年度中国农业科学院优秀博士论文。

中国农业科学院棉花研究所的所徽以绿色为主色调，寓意农业的欣欣向荣；主题图案以该所英文简称CRI构成一朵绽放的棉花，寓意该所是从事棉花套用研究和套用基础研究的机构；中英文全称围绕主体图案。

该所重视文明建设，形成了“艰苦奋斗、甘于奉献、勤于实践、勇于创新”的中棉人精神。