1999年3月出版社机构改革，撤销中国农业年鉴编辑室，成立年鉴编辑部，撤销国外农业编译室，成立《世界农业》编辑部。2000年3月年鉴编辑部改称年鉴出版中心。2009年2月社内机构调整，年鉴出版中心与《世界农业》编辑部合併成立期刊出版中心，2013年5月更名为期刊出版分社。期刊出版分社的主要任务是做好年鉴和《世界农业》杂誌的组稿、编辑、出版和发行工作。

《中国农业年鉴》（中文版），创刊于1980年，由农业部主管，农业部长担任编委会主任，全面反映我国农业、林业、畜牧业、渔业、乡镇企业、农垦、农机、水利、气象等基本情况。本年鉴撰稿人主要为各有关涉农主管部门和研究机构工作人员，统计资料由国家统计局、农业部、国家林业局、水利部、中国气象局、海关总署等有关部门提供。

《中国农业年鉴》（英文版），创刊于1986年，根据中文版编辑，翻译出版。

《中国乡镇企业年鉴》，创刊于1987年，由农业部农产品加工局（乡镇企业局）组织编写，是记录中国乡镇企业、农产品加工业发展成就的大型综合性年刊，2007年更名为《中国乡镇企业及农产品加工业年鉴》，2014年12月更名为《中国农产品加工业年鉴》。

《中国畜牧业年鉴》，创刊于1999年，由农业部畜牧业司、兽医局、全国畜牧总站组织编写，全面反映我国畜牧、兽医、饲料、草业等行业基本情况，统计资料由国家统计局及相关部门提供。2015年5月更名为《中国畜牧兽医年鉴》。

《中国茶业年鉴》，创刊于2008年，由中国茶叶学会、中国国际茶文化研究会组织编写，全面、系统反映中国茶业建设成就、经验及其发展动态，本年鉴为茶业行政机关、茶业生产经营单位、国内外茶业投资者、茶业研究人员和茶文化爱好者提供茶叶产销信息、国家和地方有关政策法规、茶叶进出口贸易资料等。

《中国渔业年鉴》，创刊于2000年，农业部渔业局主持编撰，反映中国渔业年度基本情况的权威性资料工具书。文稿主要由各级渔业行政机构、企事业和科研单位、水产院校等部门的管理人员和专业技术人员撰写。

《中国休闲农业年鉴》，创刊于2015年，由农业部农产品加工局（乡镇企业局）组织编写，是记录中国休闲农业发展成就的大型综合性年刊。

《中国品牌农业年鉴》，创刊于2015年，由中国优质农产品开发服务协会组织编写，全面、翔实地记载我国品牌农业发展历史，总结成绩和经验，促进我国品牌农业持续健康发展，充分展示我国品牌农业的丰硕成果，规範品牌农业市场。该年鉴不仅可以作为对外宣传的视窗，而且具有决策谘询、信息交流和史料积累的重要作用，为政府部门在品牌农业建设中发挥推动作用、企业发挥主体作用、协会发挥桥樑作用提供参考。

《世界农业》（月刊），创刊于1979年，农业部国际合作司、农业部农业贸易促进中心为协办单位。本刊紧紧围绕国内外农业领域的热点、焦点问题，追蹤报导国内外农业尖端科技成果，全面分析各类农产品供求形势，快速传递农林牧副渔各业供求信息，介绍国内外涉农企业的成功经验，旨在为我国各级农业领导干部、农业工作者、高等院校师生、科研院所研究人员以及国内外涉农企业提供了一个非常便捷的交流和服务平台。本刊开设的栏目有：热点聚焦、专题综述、政策交流、国际合作、分析预测、环球了望、科技纵横、人力资源、企业风采、数字农业等主要栏目。欢迎社会各界专家、学者、领导踊跃投稿。

期刊出版中心也紧紧围绕“三农”工作，结合自身优势，开发了一系列选题。例如，《中国农业统计资料》《中国渔业统计资料》《中国畜牧统计资料》《打工妹系列丛书》《西藏农作物病害防治图鉴》《荔枝、龙眼病虫害防治彩色图谱》等。中心出版的图书种类丰富，内容翔实，指导性较强，可操作性较高，插图风趣，受到了大量读者的欢迎。

获奖情况：

期刊中心出版的年鉴和《世界农业》杂誌获得了社会广泛认同，多次获奖。在2001年第二届中央级年鉴评比中《中国农业年鉴》（中文版）获特等奖；《中国乡镇企业年鉴》获二等奖。在2004年第三届全国年鉴编纂出版质量评比中，《中国农业年鉴》获综合奖特等奖和中国年鉴奖，《中国乡镇企业年鉴》、《中国渔业年鉴》分获综合奖一等奖和中国年鉴奖，《中国畜牧年鉴》获综合奖二等奖和中国年鉴奖提名奖；在2008年第四届全国年鉴编纂出版质量评比中，《中国农业年鉴》获得综合特等奖，《中国畜牧业年鉴》获得评比综合一等奖，《中国乡镇企业及农产品加工业年鉴》获得二等奖。在2015年第五届全国年鉴编纂出版质量评比中，《中国农业年鉴》获得综合特等奖，《中国畜牧业年鉴》、《中国渔业年鉴》获得评比综合一等奖，《中国乡镇企业及农产品加工业年鉴》、《中国茶业年鉴》获得二等奖。

1999年，《世界农业》被《中国期刊网》《中国学术期刊（光碟版）》《中国学术期刊综合评价资料库》来源期刊全文收录；2001年，《世界农业》入选中宣部、新闻出版总署组织评选的中国期刊方阵，被评为“双效期刊”；2002年1月，《世界农业》被国家新闻出版总署评为第二届国家期刊奖百种重点期刊；2003年7月，《世界农业》入选CNKI中国知识基础设施工程——《中国学术期刊综合评价资料库（CAJCED）》统计源期刊，同时被CNKI中国知识基础设施工程——《中国期刊全文资料库（CJFD）全文收录期刊》；2004年4月，被《中文科技期刊资料库（SWIC）》全文收录； 2004年4月，被科学技术部西南信息中心《中文科技期刊资料库》收录；2004年7月，被北京大学评选为《中文核心期刊要目总览》中文核心期刊；2004年7月，被科学技术部西南信息中心——中文科技期刊资料库、中国核心期刊（遴选）资料库（全文上网）和中国知识资源总库——中国社会科学期刊精品资料库收录；2004年12月，被《中国知识资源总库》编辑委员会选入中国社会科学期刊精品资料库；2006年8月，荣获中国农学会颁发的第五届全国农业期刊金犁奖综合类一等奖；2008年12月，入选万方数据千种精品核心刊；2008年12月，获中国核心期刊遴选资料库来源期刊来源资格；2010年12月，被中国农业科学院农业信息研究所被评选为中国农业核心期刊。